پديد آورنده :
ميرزايي، ميثم
عنوان :
خصوصيات مولكولي عامل بيماري كوتولگي زبر ذرت در استان اصفهان
مقطع تحصيلي :
كارشناسي ارشد
گرايش تحصيلي :
بيماري شناسي گياهي
محل تحصيل :
اصفهان: دانشگاه صنعتي اصفهان، دانشكده كشاورزي
صفحه شمار :
پانزده، 92ص.: مصور، جدول، نمودار
يادداشت :
ص.ع. به فارسي و انگليسي
استاد راهنما :
امير مساح، جهانگير خواجه علي
توصيفگر ها :
ويروس كوتولگي رگه سياه برنج , RT- PCR , قطعه نه
تاريخ نمايه سازي :
12/3/94
استاد داور :
بهرام شريف نبي، مجيد طالبي
تاريخ ورود اطلاعات :
1396/10/02
چكيده فارسي :
22 چكيده گياه ذرت Zea mays L يكي از گياهان بسيار مهم در تيره غالت محسوب مي شود اين گياه تحت تاثير عوامل بيمارگر مانند ويروسها باكتريها و قارچها قرار ميگيرد در ميان بيمارگر هاي ذرت ويروسها بيشترين نقش را در آلودگي و آسيب به آن ايفا ميكنند بيماري ويروسي كوتولگي زبر ذرت يكي از بيماري هاي مهم ذرت در دنيا و ايران ميباشد كه ويروس هايي چون ويروس كوتولگي زبر ذرت Maize rough dwarf virus MRDV و ويروس كوتولگي رگه سياه برنج Rice black streaked dwarf virus RBSDV از عوامل مهم ايجاد كننده آن به شمار ميروند اين ويروسها عالئمي از قبيل كوتولگي شديد تيرگي برگها و زبري در قسمت پشت برگها را ايجاد ميكنند در ايران عامل اين بيماري در ذرت Maize rough dwarf virus MRDV گزارش شده است به منظور رديابي و تعيين برخي خصوصيات مولكولي ويروس اصلي ايجاد كننده بيماري كوتولگي زبر ذرت از مناطق ذرت كاري استان اصفهان طي سالهاي 33 23 نمونهبرداري انجام شد از نمونههاي داراي عالئم ويروسي آر ان اي كل و آر ان اي دو رشته اي استخراج شد و به عنوان رشته الگو در آزمون RT PCR با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي 2 MRDV F1 MRDV R RBSDVs10F RBSDVs10R و 2 6 MRS6 1 MRS جهت رديابي ويروس مورد استفاده قرار گرفت تكثير قطعات مورد انتظار به ترتيب با اندازههاي 568 bp و 512 bp و عدم تكثير باند با آغازگر 2 6 MRS6 1 MRS آلودگي نمونهها به RBSDV را نشان داد تعيين توالي باندهاي تكثيرشده و مقايسه آن ها با نرم افزار BLASTn آلوده بودن نمونهها را به RBSDV تاييد نمود همچنين تعدادي از نمونهها به كمك روش duplex one step RT PCR و با جفت آغازگرهاي RBSDVs10F RBSDVs10R و AMLF AMLR مربوط به ويروس موزاييك ايراني ذرت MIMV مورد رديابي همزمان قرار گرفتند كه نشان دهنده آلودگي تعدادي از نمونهها به هر دو ويروس بود پس از مشخص شدن RBSDV به عنوان ويروس بيمارگر بيماري كوتولگي زبر ذرت به منظور مطالعه دقيق تر خصوصيات مولكولي آن اقدام به تكثير كامل قطعه نه ژنومي اين ويروس شد از اين رو طراحي آغازگرها جهت دست يابي به توالي كامل قطعه نه جدايه ايراني RBSDV به كمك نرم افزارهاي مولكولي انجام شد جفت آغازگرهاي طراحي شده مربوط به قطعه نه شامل S9rRC1f1 RBSDS9R1full S9full7f1 S9rRC4r1 RBSDS9F1full RBSDS9R1full و 1 RBSDS9F1full S9full4r بودند كه به ترتيب الگوهاي 411bp 2111bp 2311bp و 311bp را تكثيركردند جهت تعيين توالي بهتر قطعه تكثيرشده توسط جفت آغازگر RBSDS9F1full RBSDS9R1full كه برابر قطعه تمام طول شماره نه مي باشد همسانه سازي شد همسانه بدست آمده به همراه محصوالت PCR تكثير شده توسط جفت آغازگرهاي طراحي شده تعيين توالي شدند جهت به دست آمدن توالي كامل قطعه نه مونتاژ تمامي توالي هاي حاصل منجر به توليد يك قطعه 2311 bp شد كه مقايسه آن با تواليهاي موجود در GenBank نشان داد اين توالي قطعه تمام طول شماره نه جدايه ايراني ويروس كوتولگي رگه سياه برنج و داراي دو ORF مي باشد همرديف سازي توالي كامل نوكلئوتيدي قطعه نه جدايه ايراني RBSDV با تعدادي از تواليهاي موجود در بانك ژن يكنواختي باالي آن را 58 تا 38 با توالي ساير جدايه هاي RBSDV گزارش شده از ساير نقاط دنيا نشان داد بيشترين درصد يكنواختي توالي كامل نوكلئوتيدي به ميزان 38 با جدايه 034792 Zhejiang AJ ويروس RBSDV از چين و كمترين ميزان 3 58 مربوط به جدايه مادريد 000579 JQ ويروس MRDV بود ارتباط نزديكتر جدايه ايراني به RBSDV با رسم درخت تبارزايي بر اساس توالي كامل نوكلئوتيدي قطعه نه تاييد شد نتايج حاصل از اين تحقيق نشان داد كه عامل بيماري كوتولگي زبر ذرت در استان اصفهان به احتمال زياد ويروس كوتولگي رگه سياه برنج ميباشد كلمات كليدي ذرت ويروس كوتولگي رگه سياه برنج RT PCR قطعه نه
چكيده انگليسي :
34 Molecular Properties of Maize Rough Dwarf Disease Agent in Isfahan Province Seyyed Meisam Mirzaie m mirzaii@ag iut ac ir March 14 2015 Department of Plant Protection Isfahan University of Technology Isfahan 84156 83111 Iran Degree M Sc Language FarsiSupervisors 1 A Massah amassah@cc iut ac ir 2 J Khajehali khajeali@cc iut ac irAbstract Maize Zea mays L is one of the most important plants in the family Poaceae This plant affected by plantpathogens such as fungi bacteria and viruses Among maize pathogens viruses play a more important role in infectionand damaging to maize worldwide Rice black streaked dwarf virus RBSDV and Maize rough dwarf virus MRDV aretwo important viruses causing maize rough dwarf disease in worldwide Infected maizes with these viruses show severestunting leaf darkening and enations on the abaxial surface of leaves For detection and determination of molecularcharacteristics of causative agent of maize rough dwarf disease in Isfahan province maize samples showing viralsymptoms were collected during 2013 2014 Total RNA and dsRNA were extracted and used as template in RT PCR RT PCR was performed using MRDV F1 MRDV R2 RBSDVs10F RBSDVs10R and MRS6 1 MRS6 2 primer pairs Amplification of the expected bands of 568 bp and 501 bp with MRDV F1 MRDV R2 RBSDVs10F RBSDVs10R respectively and no amplification with MRS6 1 MRS6 2 primer pair revealed samples were infected by RBSDV Theamplicons sequenced and BLAST search showed high homology of them with RBSDV isolates available at GenBank Some samples were subjected to duplex one step RT PCR using RBSDVs10F RBSDVs10R and AMLF AMLR specificprimer pair for detection of Maize Iranian mosaic virus primer pairs simultaneously Results showed mixed infection ofthem to RBSDV and MIMV After determining the RBSDV as causal agent of maize rough dwarf disease segment 9 ofRBSDV Iranian isolate RBSDV IR was amplified For this purpose four primer pairs were designed and used in RT PCR The primer pairs RBSDS9F1full RBSDS9R1full S9full7f1 S9rRC4r1 S9rRC1f1 RBSDS9R1full andRBSDS9F1full S9full4r1 were used and amplified 1900bp 1000bp 400bp and 300bp bands respectively All ampliconswere sequenced In addition the 1900 bp band representing full length of S9 of RBSDV Iranian isolate was cloned andsequenced All sequences were assembled to make a contig A contig containing 1900 bp was generated and used inmolecular comparisons The BLAST search revealed this segment is full length of S9 segment of Iranian isolate RBSDVand containing two ORFs Multiple alignment of nucleotide sequence of S9 of RBSDV Iranian isolate and those of otherisolates available at GenBank showed high identity ranging from 89 85 The highest 89 and lowest 85 4 identity were observed between Iranian isolate and RBSDV Zhejiang isolate AJ297430 and MRDV Madrid isolate JQ975000 from China and Spain respectively The phylogenetic analysis based on neighbor joining method confirmedclosest relationship of RBSDV Iranian isolate with RBSDV Zhejiang isolate from China This study revealed that maizerough dwarf disease is probably caused by RBSDV in Isfahan province Keywords Maize Rice black streaked dwarf virus RT PCR Segment 9
استاد راهنما :
امير مساح، جهانگير خواجه علي
استاد داور :
بهرام شريف نبي، مجيد طالبي
