پديد آورنده :
تركيان، فرزانه
عنوان :
رديابي و شناسايي مولكولي ويروس هاي مهم اركيده در استان هاي اصفهان و تهران
مقطع تحصيلي :
كارشناسي ارشد
گرايش تحصيلي :
بيماري شناسي گياهي
محل تحصيل :
اصفهان: دانشگاه صنعتي اصفهان، دانشكده كشاورزي
صفحه شمار :
هفده، 124ص.: مصور
استاد مشاور :
نعمت الله اعتمادي
توصيفگر ها :
ويروس موزاييك سيمبيدوم , ويروس حلقوي ادونتوگلاسوم , تنوع ژنتيكي
استاد داور :
مسعود بهار، مجيد طالبي
تاريخ ورود اطلاعات :
1395/06/14
چكيده فارسي :
71 چكيده گياهان اركيده به خانواده Orchidaceae تعلق دارند كه يكي از بزرگترين و متنوعترين خانوادههاي گياهي از لحاظ اندازه شكل و رنگ گل است در سرتاسر جهان گلهاي شاخه بريده و محصوالت گلداني اركيده ها به واسطه ظاهر زيبا گل آذين با شكوه تنوع گسترده رنگ و ماندگاري طوالني مدت شهرت زيادي پيدا كردهاند در بين جنسهاي مختلف اركيده برخي از جنسها همانند Cymbidium sp Paphiopedilum sp Oncidium sp Cattleya sp Phalaenopsis sp Dendrobium sp و Vanda sp اهميت اقتصادي بيشتري دارند تا كنون بيش از 03 ويروس از اركيده گزارش شده است كه از بين آنها ويروس موزاييك سيمبيديوم Cymbidium mosaic virus CymMV ويروس لكه حلقوي ادونتوگالسوم Odontoglossum ringspot virus ORSV ويروس لكه حلقوي سيمبيديوم Cymbidium ringspot virus CymRSV ويروس لكه ريز اركيده Orchid fleck virus OFV و ويروس موزاييك دندروبيوم Dendrobium mosaic virus DeMV از اهميت بيشتري برخودار هستند با توجه به اين كه تاكنون گزارشي از اين ويروسها از گلخانههاي پرورش اركيده ايران صورت نگرفته است به منظور رديابي ويروسهاي اركيده از گلخانههاي اين گل در استانهاي اصفهان و تهران تعداد 091 نمونه با عاليم ويروسي شامل موزاييك خفيف و نواحي رنگ پريده به همراه نمونههاي بدون عاليم جمع آوري شدند پس از استخراج آر ا ن ا ي كل با استفاده از تكنيك RT PCR و جفت آغازگرهاي اختصاصي گونه و اختصاصي مربوط به جنس ويروسي به رديابي ويروس موزاييك سيمبيديوم ويروس لكه حلقوي ادونتوگالسوم ويروس لكه حلقوي سيمبيديوم ويروس لكه ريز اركيده و ويروس موزاييك دندروبيوم در نمونه هاي جمع آوري شده اقدام گرديد در روش RT PCR فقط در واكنشهايي كه از جفت آغازگرهاي اختصاصي ويروسهاي CymMV CP F1 R1 CymMV و ORSV2011 F R ORSV استفاده شد به ترتيب باندهاي مورد نظر 669bp و 527bp تكثير گرديدند و در ساير واكنشها هيچ گونه باندي تكثير نشد باندهاي تكثير شده توالي يابي شدند و با استفاده از نرم افزار BLAST مورد بررسي قرار گرفتند بررسي تواليها با استفاده از نرم افزار BLAST نشان دهنده شباهت باالي آنها با توالي ويروسهاي CymMV و ORSV موجود در بانك ژن بود ميزان آلودگي نمونههاي جمع آوري شده به 45 ORSV 38 CymMV و همچنين آلودگي همزمان دو ويروس 72 برآورد شد به منظور مقايسه توالي ژن پروتيين پوششي جدايههاي ايراني ويروسهاي CymMV و ORSV با جدايههاي موجود در بانك ژن جفت آغازگر CyMV 2 1F165 1R باند 1047bp به منظور تكثير ژن تمام طول پروتيين پوششي CymMV طراحي شد همچنين از جفت آغازگر اختصاصي ORSV2011 F R به منظور تكثير تمام طول پروتيين پوششي ORSV استفاده شد قطعات مورد نظر تكثير شده در پنج جدايه از CymMV و شش جدايه از ORSV كه از نظر عاليم ميزبان و منطقه مت فاوت بودند به صورت مستقيم تعيين توالي شدند همرديف سازي چند تايي توالي پروتيين پوششي جدايههاي ايراني ويروسهاي CymMV و ORSV با جدايههايي موجود در بانك ژن با استفاده از نرم افزار 20 4 DNAMAN نشان دهنده ميزان تشابه 8 89 2 88 و 6 99 9 69 در سطح نوكلئوتيدي و 001 7 39 و 001 9 49 در سطح آمينواسيدي به ترتيب در CymMV و ORSV بود سطح باالي تشابه پروتيين پوششي جدايههاي ايراني با ساير جدايهها نشان دهنده تنوع ژنتيكي پايين و حفاظت شدگي اين ناحيه از ژنوم دو ويروس ميباشد با ترسيم درخت تبارزايي به روش Neighbor joining در سطح نوكلئوتيدي جدايههاي ويروس CymMV به دو زير گروه A و B تقسيم بندي شدند و جدايههاي ايراني اين ويروس در زير گروه A قرار گرفتند با اين حال اين سطح از گروه بندي نتوانست جدايهها را از لحاظ موقعيت جغرافيايي و ميزباني از يكديگر تفكيك كند چنين گروه بندي در سطح آمينواسيدي مشاهده نشد دردرخت تبارزايي رسم شده به روش Neighbor joining در سطح نوكلئوتيدي در مورد ويروس ORSV گروه بندي مشخصي بين جدايههاي ايراني ORSV با ساير جدايه هاي بانك ژن ديده نشد با توجه به باال بودن ميزان آلودگي مخلوط به ويروسهاي CymMV و ORSV در نمونههاي جمع آوري شده به منظور شناسايي همزمان اين دو ويروس واكنش duplex RT PCR با بهينه سازي شرايط و با استفاده از جفت آغازگرهاي CymMV 1 CP F1 R باند 669bp و ORSV2011 F R باند 527bp با موفقيت انجام شد در آزمون انتقال مكانيكي ويروسهاي CymMV و ORSV به ترتيب در گياهان محك Datura stramonium و Nicotiana tabacum cv Xanthi پس از چهار هفته توليد لكه هاي موضعي كلروتيك كردند آلودگي اين گياهان توسط RT PCR تاييد شد با توجه به اطالعات موجود اين اولين گزارش از وجود ويروسهاي CymMV و ORSV در ايران ميباشد كلمات كليدي اركيده ويروس موزاييك سيمبيدوم ويروس لكه حلقوي ادونتوگالسوم تنوع ژنتيكي
چكيده انگليسي :
126Detection and Molecular Identification of Important Viruses Infecting Orchids in Isfahan and Tehran Provinces Farzane Torkian F torkian@ag iut ac ir June 22 2016 Department of Plant Protection Isfahan University of Technology Isfahan 84156 83111 Iran Degree M Sc Language Farsi Supervisor A Massah amassah@cc iut ac ir Abstract Orchids belonging to Orchidaceae are the biggest and the most divers plant family in size shape and color of flowers All over the world orchid cutting flowers and potting plants are popular because of their beautiful appearance glorious inflorescence wide color type and long lasting Among the orchids Cymbidium sp Dendrobium sp Phalaenopsis sp Cattleya sp Oncidium sp Paphiopedilum sp and Vanda sp are the most commercially important genera Of the 30 orchid viruses Cymbidium mosaic virus CymMV Odontoglossum ringspot virus ORSV Cymbidium ringspot virus CymRSV Orchid fleck virus OFV and Dendrobium mosaic virus DeMV are the most important viruses Since there is no report for orchid viruses in Iran 190 orchid samples including symptomless samples and samples showing mild mosaic and chlorotic regions were collected from greenhouses in Isfahan and Tehran provinces in 2014 2015 After total RNA extraction RT PCR using specific primers were performed for detecting of CymMV ORSV CymRSV OFV and DeMV The expected bands were amplified in PCR reactions with specific primers of CymMV CymMV CP F1 R1 and ORSV ORSV2011 F R No amplification with CymRSV OFV and DeMV specific primers was visualised in the PCR reactions The replicons were sequenced and analyzed using BLAST program BLAST analysis revealed high homology of these sequences with CymMV and ORSV sequences available at GenBank For comparison of coat protein gene of CymMV and ORSV Iranian isolates and those of other isolates available at GenBank specific primer pair amplifying full length of coat protein gene was designed for CymMV CyMV 1F165 1R2 1047bp using FastPCR 6 5 software Primer pair ORSV2011 F R was used for amplification of full length of ORSV coat protein gene The RT PCR was performed and expected bands were amplified Five CymMV isolates and six ORSV isolates representing different hosts symptoms and geographical regions were sequenced Multiple alignments of coat protein gene nucleotide sequence of CymMV and ORSV Iranian isolates with those of other isolates was done using DNAMAN 4 02 software The comparisons showed 88 2 98 8 and 96 9 99 6 homology for CymMV isolates and 93 7 100 and 94 9 100 homology for ORSV isolates in nucleotide and amino acid levels respectively The high rate of sequence homology of coat protein gene among CymMV and ORSV different isolates indicates low genetic diversity and high conservation of this region In phylogenetic tree analysis of nucleotide sequence of coat protein gene CymMV Iranian isolates and GenBank isolates formed two groups A and B Iranian isolates included in group A There were no clusters based on geographical regions symptoms or host plants No similar clustering was seen in amino acid level Phylogenetic tree analysis of the ORSV Iranian isolate and GenBank isolates did not show any grouping based on different hosts symptoms or geographical regions Due to high rate of mixed infection in collected samples to simultaneous detection of CymMV and ORSV duplex RT PCR method was done using CymMV CP F1 R1 and ORSV2011 F R primer pairs successfully after optimization of RT PCR In mechanical inoculation CymMV and ORSV cause cholorotic local lesions on Datura stramonium and Nicotiana tabacum cv Xanthi after four weeks respectively Test plants infection was confirmed with RT PCR method To the best of our knowledge this is the first report of CymMV and ORSV in Iran Key words Orchids Cymbidium mosaic virus Odontoglossum ringspot virus and Genetic variation
استاد مشاور :
نعمت الله اعتمادي
استاد داور :
مسعود بهار، مجيد طالبي
