پديد آورنده :
مجاوري، سجاد
عنوان :
رديابي ويروس هاي مهم شته زاد يونجه در اندام هاي هوايي و بذر در استان هاي اصفهان و چهارمحال و بختياري
مقطع تحصيلي :
كارشناسي ارشد
گرايش تحصيلي :
بيماري شناسي گياهي
محل تحصيل :
اصفهان: دانشگاه صنعتي اصفهان، دانشكده كشاورزي
صفحه شمار :
چهارده، 114ص.: مصور، جدول، عكس(رنگي)، نمودار
يادداشت :
ص. ع. به فارسي و انگليسي
استاد مشاور :
قباد بابايي
توصيفگر ها :
ويروس موزاييك يونجه , كوتولگي بادام زميني , ويروس پيچيدگي برگ لوبيا , RT-PCR , ژن پروتيين پوششي , يونجه
استاد داور :
مسعود بهار، بدرالدين ابراهيم طباطبايي
تاريخ ورود اطلاعات :
1395/11/24
چكيده فارسي :
چكيده يونجه Medicago sativa L به عنوان يك گياه علفي چند ساله يكي از مهم ترين گياهان علوفهاي جهان محسوب مي شود ويروس هاي شته زاد مانند ويروس موزاييك يونجه Alfalfa mosaic virus AMV ويروس موزاييك خيار Cucumber mosaic virus CMV ويروس كوتولگي بادام زميني Peanut stunt virus PSV و ويروس پيچيدگي برگ لوبيا Bean leaf roll virus BLRV از عوامل اصلي كاهش دهنده عملكرد يونجه محسوب ميشوند عليرغم گزارشهاي متعدد از ميزان فراواني ويروسهاي شته زاد در مزارع يونجه در دنيا وضعيت فراواني اين ويروسها در منطقه مركزي ايران چندان مشخص نيست براي دستيابي به اطالعاتي در اين زمينه طي سالهاي 4931و 5931 نمونههاي مشكوك به آلودگي ويروسي با عالئم بد شكلي برگ ريز برگي كوتولگي زردي رگبرگ و زردي بين رگبرگ از مزارع يونجه استانهاي اصفهان و چهارمحال و بختياري جمع آوري شدند آر ان اي كل نمونهها به روش ليتيم كلرايد استخراج شد و به عنوان الگو در واكنش RT PCR مورد استفاده قرار گرفت از جفت آغازگرهاي AMV 932 bp PSV F8 PSV R8 843 bp CMV MP5 CMV MP3 901 bp 5pr AMV 3pr و 2 621 bp BLRV F1 BLRV R به ترتيب جهت رديابي ويروس هاي PSV CMV AMV و BLRV استفاده شد نتايج حاصل از RT PCR نشان دهنده تكثير باندهاي اختصاصي براي سه ويروس PSV AMV و BLRV در تعدادي از نمونههاي جمع آوري شده بود ولي ويروس CMV در هيچ يك از نمونهها رديابي نشد به منظور تاييد نتايج به دست آمده از RT PCR محصول PCR تعدادي از نمونهها توالي يابي شد بررسي توالي ها با نرم افزار BLAST نتايج حاصل از RT PCR را تاييد نمود از 371 نمونه جمع آوري شده 96 نمونه داراي آلودگي تكي به 5 AMV نمونه داراي آلودگي تكي به 3 BLRV نمونه داراي آلودگي تكي به 16 PSV نمونه داراي آلودكي مخلوط 66 PSV AMV نمونه داراي آلودگي مخلوط 1 BLRV AMV نمونه داراي آلودگي مخلوط PSV BLRV و 31 نمونه داراي آلودگي مخلوط به هر سه ويروس تشخيص داده شد جهت انجام مقايسات مولكولي هفت جدايه PSV جدايه هاي 1 M8 Mo22 FlC1 D17 D14 D و 4 LoA و نه جدايه BLRV جدايه هاي 1 D5 ShB7 M3 H2 DaE5 DaC FlD1 B و 5 Fa جمع آوري شده از مناطق مختلف جغرافيايي تعيين توالي شدند همرديف سازي چندتايي بر اساس توالي نوكلئوتيدي ژن پروتيين پوششي جدايههاي PSV و BLRV حاصل از اين تحقيق با تعدادي از جدايه اي موجود در بانك ژن با استفاده از نرم افزار هاي 7 7 CLC Sequence Viewer و 4 DNAMAN انجام شد نتايج حاصل نشان داد كه جدايههاي PSV استانهاي اصفهان و چهار محال و بختياري به ميزان 97 79 درصد با همديگر تشابه نوكلئوتيدي دارند بيشترين ميزان يكساني 4 49 درصد ميان جدايه 22 Mo مباركه و جدايه W از آمريكا شماره دسترسي 66313 U و كمترين ميزان يكساني 2 47 درصد بين جدايههاي 41 D و 71 D دستگرد با جدايه S از چين شماره دسترسي 308222 AJ بدست آمد رسم درخت تبارزايي به روش Neighbor joining با 00001 بار تكرار با استفاده از نرم افزار 5 MEGA مشخص نمود كه جدايههاي PSV حاصل از اين تحقيق با جدايه هاي زير گروه II اين ويروس در يك شاخه قرار گرفتند همرديف سازي چند تايي توالي نوكلئوتيدي ژن پروتتين پوششي جدايههاي BLRV استانهاي اصفهان و چهارمحال و بختياري با جدايههاي موجود در بانك ژن نشان داد اين جدايهها داراي 4 99 درصد يكساني مي باشند جدايه 5 D و جدايه اي از آرژانتين شماره دسترسي 016162 KR و آمريكا شماره دسترسي 963300 NC بيشترين يكساني 3 69 درصد و جدايه 5 Fa فرخ شهر و جدايه WA از آمريكا شماره دسترسي 677934 HM كمترين يكساني نوكلئوتيدي 4 49 درصد را داشتند در درخت تبارزايي ترسيم شده به روش Neighbor joining با 00001 بار تكرار با استفاده از نرم افزار 5 MEGA جدايههاي BLRV در اين تحقيق در يك شاخه مجزا از ساير جدايههاي ديگر نقاط دنيا قرار گرفتند به منظور تعيين وجود آلودگي ويروسي در بذر يونجه ابتدا آر ان اي كل از برگ 31 بوته جمع آوري شده داراي عالئم ويروسي و غالف بذر استخراج و RT PCR با استفاده از هر چهار آغازگر اختصاصي انجام شد نتايج RT PCR تنها حضور ويروس AMV را در بوته ها تاييد كرد سپس بذرهاي حاصل از هر بوته به صورت جداگانه در پتري حاوي كاغذ صافي مرطوب قرار داده شدند سه روز پس از جوانه زني بذر ها استخراج آر ان اي كل و RT PCR از گياهچه ها انجام شد نتايج نشان داد كه ويروس AMV در بذر هاي 11 بوته از 31بوته حضور دارد به نظر مي رسد ويروس هاي شته زاد آلوده كننده يونجه در استان هاي اصفهان و چها محال و بختياري به ترتيب فراواني به صورت PSV BLRV AMV زير گروه II مي باشد و CMV از اهميت چنداني برخوردار نمي باشد همچنين رابطه مشخصي بين نوع ويروس و عالئم ايجاد شده وجود ندارد كلمات كليدي ويروس موزاييك يونجه ويروس كوتولگي بادام زميني ويروس پيچيدگي برگ لوبيا RT PCR ژن پر
چكيده انگليسي :
Detection of Important Aphid borne Viruses in Alfalfa Foliage and Seed in Isfahan and Chaharmahal Bakhtiari Provinces Sajjad Mojaveri sajjadmojaveri@gmail com Department of Plant Protection January 8 2017 Isfahan University of Technology Isfahan 84156 83111 IranDegree M Sc Language FarsiSupervisor A Massah amassah@cc iut ac irAbstractAlfalfa Medicago sativae L as a perennial herbaceous legume is the most important forage crops in the world Aphid borneviruses infecting alfalfa such as Alfalfa mosaic virus AMV Cucumber mosaic virus CMV Peanut stunt virus PSV andBean leaf roll virus BLRV are the most important viruses in decreasing alfalfa yield Despite many reports of aphid borneviruses incidence in alfalfa around the world there is no information on aphid borne viruses incidence in central region ofIran To detect AMV CMV PSV and BLRV in 1394 and 1395 alfalfa samples showing symptoms such as leaf malformation little leaf dwarfing interveinal and vein yellowing were collected from alfalfa fields in Isfahan and Chaharmahal Bakhtiariprovinces Total RNA was extracted from leaf samples and used as template in RT PCR with specific primer pairs AMV 5pr AMV 3pr 901 bp CMV MP5 CMV MP3 843 bp PSV F8 PSV R8 932 bp and BLRV F1 BLRV R2 621 bp fordetection of AMV CMV PSV and BLRV respectively The specific bands of AMV PSV and BLRV were amplified inseveral samples in RT PCR However no CMV specific band was amplified in collected samples The PCR products of someAMV PSV and BLRV infected samples were sequenced The BLAST analysis confirmed the RT PCR results Out of 173collected samples 69 samples were infected with AMV three samples were infected with PSV five samples were infectedwith BLRV 66 samples had mixed infection with AMV PSV 16 samples had mixed infection with AMV BLRV one samplehad mixed infection with PSV BLRV and 13 samples had mixed infection with AMV PSV BLRV For molecularcomparisons seven PSV isolates D1 D14 D17 F1C1 Mo22 M8 and LoA4 and nine BLRV isolates B1 M3 D5 H2 Fa5 DaC DaE5 ShB7 and F1D1 collected from different geographical regions were sequenced Multiple alignments ofnucleotide sequence of coat protein gene of Isfahan and Chaharmahal Bakhtiari PSV and BLRV isolates and those of otherisolates available at GenBank were carried out by CLC sequencing viewer 7 7 and DNAMAN 4 softwares The results showedIsfahan and Chaharmahal Bakhtiari PSV isolates shared 97 79 identity with each other The highest identity 94 4 wasfound between Mo22 isolate Mobarakeh and W isolate of United States Accession No U31366 D14 and D17 isolates Dastgerd and S isolate of China Accession No AJ222803 showed the lowest identity 74 2 Phylogenetic analysis byNeighbor joining method with 10000 bootstrap replicates using MEGA 5 software revealed that Isfahan and ChaharmahalBakhtiari PSV isolates clustered together with GenBank isolates of PSV subgroup II Multiple alignment of BLRV isolatesshowed that Isfahan and Chaharmahal Bakhtiari BLRV isolates shared 99 4 identity to each other D5 Dastgerd andisolates from Argentina Accession No KR261610 and United States Accession No 003369 had the highest identity 96 3 and Fa5 isolate Farokhshahr and WA isolate from United States Accession No HM439776 had the lowestidentity 94 4 In phylogenetic tree drawn by Neighbor joining method with 10000 bootstrap replicates using MEGA 5software Isfahan and Chaharmahal Bakhtiari BLRV isolates were grouped in a distinct cluster and separated from otherisolates of BLRV available at GenBank To determine viral infection in alfalfa seeds total RNA was extracted from 13 alfalfaplants with seed pods showing viral symptoms and subjected to RT PCR using AMV CMV PSV and BLRV specific primerpairs The results showed all alfalfa plants are only infected with AMV The alfalfa seeds were allowed to germinate in Petridishes containing wet filter papers Three days after germination total RNA was extracted from seedlings and RT PCR wascarried out The results showed the presence of AMV in seeds of
استاد مشاور :
قباد بابايي
استاد داور :
مسعود بهار، بدرالدين ابراهيم طباطبايي
