پديد آورنده :
كريم زاده، پرنيان
عنوان :
آناليز فيلوژنتيكي توالي هاي كلروپلاستي حاصل از داده هاي RNA seq در گونه هاي آويشن
مقطع تحصيلي :
كارشناسي ارشد
گرايش تحصيلي :
بيوتكنولوژي
محل تحصيل :
اصفهان : دانشگاه صنعتي اصفهان
صفحه شمار :
سيزده، 88ص.: مصور (رنگي)، جدول، نمودار
استاد راهنما :
اابوذر سورني، مجيد طالبي
استاد مشاور :
بدرالدين ابراهيم سيدطباطبايي
توصيفگر ها :
آويشن , روابط فيلوژنتيك , زمان انشقاق , توالي هاي كلروپلاستي , ارتولوگ هاي تك نسخه
استاد داور :
رحيم مهرابي، محمدمهدي مجيدي
تاريخ ورود اطلاعات :
1398/08/06
تاريخ ويرايش اطلاعات :
1398/08/06
چكيده فارسي :
چكيده آويشن جنس Thymus يكي از مهمترين گياهان دارويي از خانوادهي Lamiaceae ميباشد كه از مزاياي دارويي آن ميتوان به خواص آنتياكسيداني ضدنفخ ضد التهاب ضدباكتريايي ضدقارچي رفع سو هاضمه و اسهال اشاره كرد عليرغم اهميت زياد گونههاي آويشن از نظر پراكنش و متابوليتهاي ثانويه اطالعات محدودي از روابط فيلوژنتيك برخي از گونهها در دسترس است امروزه پيشرفتهاي جديد در زمينهي مطالعات مولكولي امكانات مناسبي در جهت پاسخگويي به بسياري از پرسشها در زمينهي ردهبندي گونهها روابط فيلوژنتيك وتكاملي گونهها فراهم كردهاست لذا به دليل اهميت مطالعات فيلوژنتيك در درك چگونگي تكامل ژنها ژنومها و گونهها مطالعهي حاضر با هدف بررسي روابط فيلوژنتيكي و تخمين زمان انشقاق گونههاي آويشن و آويشن شيرازي Zataria multiflora بر مبناي اطالعات كلروپالستي و ارتولوگ هاي تك نسخه به دو روش حداكثر احتمال و بيزين انجام گرفت در اين راستا پس از استخراج RNA نمونهها جهت ساخت كتابخانهي cDNA و توالييابي به شركت مربوطه ارسال شدند پس از بررسي كيفيت و سرهمبندي خوانشهاي حاصل از توالييابي تواليهاي كلروپالستي و ارتولوگهاي تكنسخه استخراج و در ساخت درختهاي فيلوژنتيك مورد استفاده قرار گرفتند در نهايت براي تعيين قابل اعتمادترين توپولوژي درخت جهت نمايش روابط تكاملي ميان گونهها متدولوژي ساخت درختان و ماهيت داده هاي مورد استفاده مورد بررسي و مقايسه قرار گرفتند نتايج مطالعات نشان داد كه تمامي درختان فيلوژنتيك از رابطهي ژنتيكي نزديك ميان گونههاي T vulgaris و T daenensis كالد 1 به عنوان گونههاي خواهري پشتيباني ميكنند و گونهي Z multiflora خارج از گروه جنس آويشن قرار ميگيرد مطالعهي زمانهاي تخمين زده شده براي اين دو جنس نيز نشان داد كه جنس Zataria سالها قبلتر از جنس Thymus به وجود آمدهاست لذا در گروه مشترك با جنس Thymus قرار نميگيرد 17 2 40 3 Zataria ميليون سال پيش و 2 28 Thymus ميليون سال پيش مقايسهي ماهيت دادهها و روشهاي مورد استفاده در ساخت درختان نشان داد درخت بيزين حاصل از دادههاي ارتولوگ تكنسخه به شكل قابل اعتمادتري روابط ميان گونهها و زمانهاي انشقاق تخمين زده شده ميان آنها را به نمايش ميگذارد در اين درخت زمان انشقاق گونههاي جنس Thymus و جنس Zataria به ترتيب 2 و 92 71 ميليون سال پيش تخمين زدهشد كلمات كليدي آويشن روابط فيلوژنتيك زمان انشقاق تواليهاي كلروپالستي ارتولوگهاي تك نسخه
چكيده انگليسي :
Phylogenetic analysis of chloroplast sequences from RNA seq data in Thymus species Parnian Karimzadeh P2karimzadeh@gmail com September 16 2019 Department of Biotechnology Isfahan University of Technology Isfahan 84156 83111 IranDegree M Sc Language Farsi1stSupervisor A Soorni soorni@cc iut ac ir2nd Supervisor M Talebi mtalebi@cc iut ac irAbstractThymus is one of the most important medicinal plants which belongs to Lamiaceaefamily The medicinal properties of genus Thymus include antibacterial antioxidant carminative digestive and anti inflammatory Despite the importance of Thymus speciesin terms of distribution and secondary metabolites a limited information is available onthe phylogenetic relationships of some species Recent advances in molecular studieshave provided ample opportunities to answer many questions about species classification phylogenetic and evolutionary relationships Hence this study was performed in twoways Maximum likelihood and Bayesian aimed to investigate the phylogeneticrelationships and estimation of divergence time of Thymus speciesand Zataria multiflora by using chloroplast CHL and single copy orthologs SCO information In this regard after RNA extraction the samples were sent to the relevantcompany to construct the cDNA library and sequencing After evaluating the quality andassembling reads from sequencing chloroplast and single copy orthologs sequences wereextracted and used for phylogenetic tree construction Finally the most reliable topologyfor reconstructing evolutionary relationships among species was selected by comparingdifferent methodologies and data Our results indicated that all phylogenetic trees supporta close genetic relationship between T daenensis and T vulgaris clade1 as sisterspecies and Z multiflora species placed outside of genus Thymus group Also the resultsof divergence times estimation analysis for both genus showed that Zataria has beenoriginated many years earlier than the genus Thymus so Zataria doesn t fall in to the samegroup with genus Thymus Zataria 17 2 million years ago and Thymus 2 million yearsago Comparison of CHL and SCO data along with tree construction methods showedthat the Bayesian phylogenetic tree derived from SCO data more reliably displays therelationships among species and divergence time estimation In this tree the divergencetimes of Thymus species and the genus Zataria were estimated 2 and 17 29 million yearsago respectivelyKeywordsThymus Phylogenetic relationships Divergence time Chloroplast sequences single copyorthologous
استاد راهنما :
اابوذر سورني، مجيد طالبي
استاد مشاور :
بدرالدين ابراهيم سيدطباطبايي
استاد داور :
رحيم مهرابي، محمدمهدي مجيدي
