پديد آورنده :
سليمي داراني، عليرضا
عنوان :
رديابي و تعيين مشخصات فيزيولوژيكي جدايه هاي باكترياييDickeya solani و pectobacterium carotovorum subsp در مزارع سيب زميني استان اصفهان
مقطع تحصيلي :
كارشناسي ارشد
گرايش تحصيلي :
بيماري شناسي گياهي
محل تحصيل :
اصفهان : دانشگاه صنعتي اصفهان
صفحه شمار :
هشت، 121ص.: مصور، جدول، نمودار
استاد راهنما :
مسعود بهار
استاد مشاور :
جهانگير خواجه علي
توصيفگر ها :
پوسيدگي نرم , ساق سياه , ، Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliense , Dickeya solani , طراحي آغازگر , آغازگر اختصاصي , فعاليت پكتوليتيكي
استاد داور :
امير مساح، ابوذر سورني
تاريخ ورود اطلاعات :
1399/04/28
رشته تحصيلي :
مهندسي كشاورزي
تاريخ ويرايش اطلاعات :
1399/04/30
چكيده فارسي :
چكيده بيماريهاي ساقسياه و پوسيدگينرم سيبزميني از بيماريهاي باكتريايي خسارتزاي سيبزميني در دنيا ميباشند كه توسط گونهها و زيرگونههاي مختلفي از Pectobacterium spp و Dickeya spp ايجاد ميشوند طي مدتي طوالني دو باكتري Pectobacterium carotovorum subsp carotovorum و P atrosepticum به عنوان شايع ترين عوامل بروز ساقسياه و پوسيدگينرم سيبزميني شناخته ميشدند ولي در سالهاي اخير حضور D solani و P carotovorum subsp brasiliense در نمونههاي ساقسياه و پوسيدگينرم مزارع سيبزميني دنيا اهميت بيشتري يافته است كه احتماال به دليل گرمايش جهاني اين دو باكتري نقش مهمتري در بروز اين بيماريها پيدا كردهاند با وجود گزارش گونههاي مختلفي از Pectobacterium spp و Dickeya spp از مزارع سيبزميني ايران اطالعات مشخصي از شيوع D solani و P carotovorum subsp brasiliense در مزارع اصفهان وجود نداشت براي تعيين وضعيت انتشار اين دو باكتري در منطقه طي ماههاي تير تا مهر ماه سال 8931 از نواحي سيبزمينيكاري استان اصفهان بازديدهايي بهعمل آمد و از ساقه ريشه و غدههاي داراي عاليم ساقسياه و پوسيدگي نرم غده نمونه برداري شد پس از جداسازي باكتري از بافتهاي گياهي آلوده با استفاده از آزمونهاي پكتوليتيكي بيوشيميايي و مولكولي جدايههاي متعلق به گروههاي پكتوباتريومي مشخص شدند در انگشت نگاري ژنتيكي با استفاده از جفت آغازگرهاي BOXA1R و ERIC2F ERIC1R مشخصات ژنوتيپي جدايه هاي بدست آمده در اين تحقيق در مقايسه با جدايه هاي رفرانس Pectobacterium spp و Dickeya spp تعيين گرديد بر اساس نتايج تجميعي انگشت نگاري ژنتيكي جدايهها در هشت گروه طبقه بندي شدند در بررسيهاي بعدي طي آزمايشات PCR با جفت آغازگرهاي اختصاصي شامل 2 ECA1f ECA2R ADE1 ADE2 Y1 Y PwaF PwaR BR1F L1R و همچنين آزمون هاي بيوشيميايي گونهها و زيرگونههاي Pectobacterium spp و Dickeya spp مشخص شدند كه از 48 نمونهي باكتريايي بهدست آمده از سيبزمينيهاي آلوده به ساقسياه و پوسيدگي نرم مورد بررسي در اين پژوهش 31 جدايه P caratovourum subsp brasiliense سه جدايه 42 D solani جدايه P 17 caratovourum subsp caratovourum جدايه P parmentieri و شش جدايه متعلق به جنس Dickeya spp هستند و سه جدايه ديگر بدليل عدم تطبيق مشخصات مولكولي و بيوشيميايي با گونههاي مربوط به جنسهاي Pectobacterium يا Dickeya نامشخص باقي ماندند به منظور تعيين تفاوت فعاليت پكتوليتيكي گونههاي شناسايي شده طي اين پژوهش آزمون لهيدگي برشهاي غدهي سيبزميني براي آنها تحت دماهاي نگهداري مختلف 5 51 82 73 و 93 انجام گرفت همه گونهها و زير گونههاي مورد آزمايش در دماهاي مختلف فعاليت پكتوليتيكي نشان دادند هرچند كه بين فعاليت جدايههاي گونههاي مختلف و نيز جدايههاي درون هرگونه تفاوتهايي وجود داشت به دليل عدم وجود يك جفت آغازگر اختصاصي براي شناسايي D solani بر اساس توالي نوكلئوتيدي يك باند انحصاري 059 نوكلئوتيدي تكثير شده از D solani در انگشت نگاري ژنتيكي با ERIC2F ERIC1R يك جفت آغازگر اختصاصي براي تكثير باندي منفرد و تكرار شونده از ژنوم D solani طراحي شد با بكارگيري يك سري از آزمونهاي PCR اختصاصيت و حساسيت اين جفت آغازگر براي تشخيص انتخابي جدايههاي D solani تاييد گرديد بنظر مي رسد كه آزمون PCR پيشنهاد شده در اين تحقيق با استفاده از جفت آغازگر طراحي شده 2 DSF1 DSR مي تواند يك روش سريع و قابل اعتماد براي رديابي و تشخيص D solani از ساير باكتريهاي پكتوباكتريومي باشد كلمات كليدي پوسيدگينرم ساقسياه Pectobacterium carotovorum subsp brasiliense Dickeya solani طراحي آغازگر آغازگر اختصاصي فعاليت پكتوليتيكي 1
چكيده انگليسي :
Detection and physiological characterization of isolates of Dickeya solani and Pectobacterium carotovorum subsp brasiliense in potato fields of Isfahan province Alireza Salimi Darani a salimi d@gmail com june 22 2020 Department of Plant protection Isfahan University of Technology Isfahan 84156 83111 Iran Degree M Sc Language FarsiSupervisor Masoud BaharAdvisor Jahangir KhajehaliAbstract Potato blackleg and soft rot diseases caused by Pectobacterium and Dickeya species and subspecies areconsidered to be the most destructive bacterial diseases of potato worldwide For a long time Pectobacterium caratovorujm subsp carotovorum and P atrosepticum were known as the main agents ofpotato soft rot and blackleg diseases In recent years however the significant prevalence of D solani andP carotovorum subsp brasiliense in soft rotted potato samples implied the important role of thesebacteria to cause potato blackleg and soft rot diseases probably due to global warming Despite thewidespread presence of various species of Pectobacterium spp and Dickeya spp in potato farms of Iran there was no evidence for spread of D solani and P carotovorum subsp brasiliense in field potatoes ofIsfahan province To determine the regional incidence of D solani and P carotovorum subsp brasiliense surveys conducted in potato grown area of Isfahan province during June October 2019 and stem rootand tuber samples with symptoms of blackleg and soft rot were collected from the visited farms Afterisolating bacteria from symptomatic potato organs the isolates were characterized by pectolytic biochemical and molecular tests to differentiate the strains belonged to Pectobacteria The rep PCRfingerprinting with BOX IR and ERIC2F ERIC1R primer sets was used for genotypic characterization of thePectobacteria isolates collected in this study in comparison with reference strains of Pectobacterium spp and Dickeya spp Combined fingerprinting analysis classified the isolates into eight groups Furthercharacterization of the isolates in each group using PCR assays with specific primer pairs includingY1 Y2 ADE1 ADE2 ECA1f ECA2R BR1f L1R PwaF PwaR for Pectobacterium and Dickeya species andsubspecies in combination of biochemical tests revealed that out of 84 bacterial strains isolated fromsymptomatic potato plants in this study 13 strains were identified as P carotovorum subsp brasiliense 3strains D solani 42 strains P carotovorum subsp carotovorum 17 strains P wasabie and 6 strainsDickeya spp The remaining three isolates yet to be identified as their characteristics did not match withany described species of genera Pectobacterium or Dickeya In order to determine the differences inpectolytic activity of the species identified in this study in vitro potato slice rot tests of the representativestrains of species were conducted at different incubation temperatures 5 15 28 37 and 39 All examined species and subspecies exhibited pectolytic activities at various temperatures althoughthere were certain variation between the species and also among the isolates of each species Due to lackof species specific primer pair for the distinctive identification of D Solani based on a sequence of aunique 950 bp fragment amplified in D solani in ERIC2F ERIC1R fingerprinting a specific primer pairwere designed to amplify a single and reproducible 895 bp band in D solani strains The application of aseries of PCR tests confirmed the specificity and sensitivity of the primer pair for exclusive diagnosis ofD solani strains Apparently the proposed PCR assay demonstrated to be a quick and reliable method fordetection and distinguishing D solani from other Pectobacteria Keywords soft rot blackleg D solani P carotovorum subsp brasiliense primer design specificprimer pair pectolytic activity 121
استاد راهنما :
مسعود بهار
استاد مشاور :
جهانگير خواجه علي
استاد داور :
امير مساح، ابوذر سورني
