پديد آورنده :
برزگر، سمانه
عنوان :
تشخيص، تعيين فراواني و خصوصيات مولكولي نژاد هاي نوتركيب ويروس واي سيب زميني در استان هاي اصفهان و چهارمحال و بختياري
مقطع تحصيلي :
كارشناسي ارشد
گرايش تحصيلي :
بيماري شناسي گياهي
محل تحصيل :
اصفهان : دانشگاه صنعتي اصفهان
صفحه شمار :
دوازده، 84ص. : مصور، جدول، نمودار
توصيفگر ها :
ويروس واي سيب زميني , multiplex RT-PCR , نژاد هاي نوتركيب
استاد داور :
بهرام شريف نبي، مجيد طالبي
تاريخ ورود اطلاعات :
1399/07/02
تاريخ ويرايش اطلاعات :
1399/07/05
چكيده فارسي :
چكيده ويروس واي سيبزميني potato virus Y PVY به عنوان يكي از مهمترين ويروسهاي سيبزميني هر ساله خسارات مهمي را از نظر اقتصادي وارد ميسازد استان هاي اصفهان و چهار محال و بختياري از مناطق عمده كشت سيبزميني در ايران به شمار ميروند و اين ويروس در مزارع اين دو استان شايع است ويروس واي سيبزميني داراي حداقل نه نژاد مختلف است كه علت آن جهش در داخل نژادها و نوتركيبي بين آنهاست تشخيص درست و به موقع اين ويروس و نژادهاي مختلف آن ميتواند در اتخاذ استراتژيهاي مناسب كنترل موثر باشد امروزه به دليل توسعه آغازگرهاي نژاد اختصاصي براي ويروس واي سيبزميني روش واكنش زنجيرهاي پليمراز PCR به عنوان روشي با كارايي بسيار باال در تشخيص نژادهاي اين ويروس مورد استفاده قرار مي گيرد در اين تحقيق رديابي همزمان نژادهاي مختلف PVY در مزارع سيبزميني استانهاي اصفهان و چهار محال و بختياري به روش multiplex RT PCR مورد بررسي قرار گرفت نمونهبرداري از مناطق سيبزمينيكاري استان اصفهان فالورجان قهدريجان شهر ابريشم فريدن داران دامنه كميتك و چادگان و استان چهار محال و بختياري شهركرد فرادنبه و سفيددشت از بوتههاي سيبزميني واجد عالئم موزاييك پيسك نكروز رگبرگ كوتولگي افتادگي برگ و لكههاي سبززرد انجام گرفت صد و پانزده نمونه جمع آوري شده بر اساس تيپ عالئم در چهار گروه به صورت گروه اول با عالئم لكه سبززرد و ريزبرگي گروه دوم با عالئم موزاييك خفيف و زردي گروه سوم با عالئم نكروز رگبرگ و موزاييك خفيف و گروه چهارم با عالئم زردي و ريزبرگي قرار گرفتند پس از استخراج total RNA از نمونهها و ساخت cDNA واكنش PCR به كمك جفت آغازگر عمومي PVY وآغازگرهاي اختصاصي هر نژاد انجام گرفت رديابي PVY ابتدا با استفاده ازجفت آغازگر عمومي PVYCPcEcoRII PVYCPcBamHI انجام شد كه نمونههاي آلوده باند 80۱ bp را تكثير كردند سپس نمونههاي آلوده با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي هر نژاد و روش multiplex RT PCR مورد بررسي قرار گرفتند نتايج حاصل از multiplex RT PCR نشان داد اكثر نمونهها در دو استان اصفهان و چهار محال و بختياري ۴8 نمونه به نژاد نوتركيب PVYN W B آلوده مي باشند اين نمونهها باندهاي 85۳ bp و ۴۴۱ bp را تكثير كردند سه نمونه دو نمونه از فريدن و يك نمونه از شهر ابريشم نيز باندهاي ۶۳۳ bp 85۳ bp و ۴۴۱ bp را تكثير كردند كه حاكي از آلودگي آن ها به نژاد نوتركيب PVYN W A بود دو نمونه نيز يك نمونه از شهر ابريشم ويك نمونه از شهركرد الگوي باندي ۴۴۱ bp 85۳ bp و ۲78 bp را تكثير كردند كه آلودگي اين نمونهها را به نژاد نوتركيب و كمياب 4 162 PVY نشان داد نتايج حاصل از رديابي نژادهاي مختلف ويروس واي سيبزميني در دو استان اصفهان و چهار محال و بختياري نشان دهنده وجود نژادهاي نوتركيب در اين دو استان مي باشد هر چند نژاد هاي اصلي رديابي نشدند همچنين هيچگونه همبستگي بين نوع عالئم در مزرعه با نژادهاي رديابي شده وجود نداشت به منظور تعيين ميزان تشابه توالي نوكلئوتيدي باندهاي تكثير شده در نمونههاي اين تحقيق با نمونههاي موجود در بانك ژن سه نمونه 3 ch7 ab و 2 Sh بر اساس الگوي باندي و تيپ عاليم انتخاب و توالييابي شدند همرديفسازي با استفاده از نرم افزار 20 4 DNAMAN ver به روش neighbor joining انجام شد همرديفسازي چندتايي در سطح نوكلئوتيدي در موردنمونه 2 Sh نماينده نژاد 4 162 PVY با الگوي باندي ۴۴۱ bp ۲78 bp و 85۳ bp با تعدادي از جدايههاي موجود در بانك ژن نشان داد كه تك باند ۲78 bp مربوط يه ناحيه 1 P و باند 85۳ bp مربوط به ناحيه VPg بيشترين تشابه نوكلئوتيدي را با نژاد 4 162 PVY دارند كه با نتايج آزمون multiplex RT PCR مبني بر قرارگيري اين نمونه درگروه نژادي 4 162 PVY مشابهت داشت همرديف سازي چندتايي در سطح نوكلئوتيدي در مورد نمونههاي 3 ab و7 ch با الگوهاي باندي ۴۴۱ bp و 85۳ bp با دو تيپ متفاوت از نظر عالئم نشان داد كه باند ۴۴۱ bp مربوط به ناحيه 3 HC Pro P و باند 85۳ bp مربوط به ناحيه VPg بيشترين تشابه نوكلئوتيدي را با نژاد 4 162 PVY دارندكه با نتايج آزمون multiplex RT PCR مبني بر قرارگيري اين دو نمونه در گروه نژادي PVYN W B تفاوت داشت اين امر نشان ميدهد محل اتصال آغازگرها نسبت به توالي ناحيه تكثير شده توسط آنها عامل مهمتري در اختصاصيت ميباشد عدم رديابي نژادهاي اصلي و رديابي نژادهاي نوتركيب ويروس واي سيبزميني در اين تحقيق مطابق با آن چه در ساير نقاط جهان نيز گزارش شده است نشان دهنده فعال بودن مكانيسمهاي تغيير پذيري در اين ويروس ميباشد همچنين روش multiplex RT PCR به عنوان روشي حساس دقيق مقرون بصرفه و قابل اطمينان ميتواند در رديابي به موقع و همزمان نژادهاي ويروس واي سيبزميني مورد استفاده قرار گيرد كلمات كليدي ويروس واي سيبزميني multiplex RT PCR نژاد هاي
چكيده انگليسي :
Identification distribution and molecular characterization of potato virus Y recombinant strains in Isfahan and Chaharmahal va Bakhtiari provinces Samaneh Barzegar S barzegar@ag iut ac ir Auguat 26 2020 Department of Plant Protection Isfahan University of Technology Isfahan 84156 83111 Iran Degree M Sc Language FarsiSupervisor Dr Amir MassahAbstractPotato virus Y PVY as one of the most important potato viruses annually causes significant economic losses PVY is prevalent in the potato fields of Isfahan and Chaharmahal va Bakhtiari provinces known as the majorpotato growing regions in Iran Due to occurring mutations and recombination within and between strains PVYexists as a complex of at least nine strains Therefore the identification of PVY and its different strains is veryimportant for effective control strategies of the virus By developing different primers for PVY strains Polymerase Chain Reaction PCR is a highly efficient method for the detection of different PVY strains In thisstudy the simultaneous detection of different PVY strains in potato fields of Isfahan and ChaharmahalvaBakhtiari provinces was carried out by multiplex RT PCR One hundred and fifteen potato leaf samples showingsymptoms including mosaic mottle vein necrosis stunting and chlorotic spots were collected from Isfahanprovince Falavarjan Qahderijan Shahreabrisham Freidan Daran Damaneh Komitak and Chadegan andChaharmahal va Bakhtiari province Shahrekord Faradonbeh and Sefiddasht The samples were classified intofour groups based on symptoms the first group with yellow spot the second group with mild mosaic andyellowing the third group with vein necrosis and mild mosaic and the fourth group with yellows symptoms Total RNA was extracted from the samples and cDNA was synthesized PCR was carried out using universaland specific primer pairs for each strain PVY detection was first performed using the PVYCPcEcoRII PVYCPcBamHI PVY specific primer pair To detect PVY strains the infected samples were then analyzed usingPVY strain specific primer pairs by the multiplex RT PCR method The results showed that recombinant B isthe most abundant strain 84 samples in Isfahan and Chaharmahalva Bakhtiari provinces The infected samplesamplified 853 bp and 441 bp bands Three samples two samples from Freidan and one sample fromShahreabrisham also amplified three fragments expected sizes of 853 bp 633 bp and 441 bp indicating thatthese samples were infected with recombinant strains Two samples one sample from Shahreabrisham and onesample from Shahrekord amplified the expecting banding patterns of 853 bp 441 bp and 278 bp which showedthe infection of samples with a recombinant and rare PVY strain known as PVY261 4 strain The results ofmultiplex RT PCR showed the presence of recombinant However major strains were not detected in Isfahanand Chaharmahal and Bakhtiari provinces There was also no correlation between symptom type in the field andthe PVY strains To determine the nucleotide similarity of the amplified bands of our samples with those of otherPVY strains available at GenBank three samples including ab3 ch7 and sh2 were selected based on the bandpattern and type of symptoms and sequenced Multiple alignment was performed using DNAMAN software ver 4 02 by neighbor joining method Multiple alignment of sh2 sample representative of the PVY261 4 strain with278 bp 441 bp and 853 bp band pattern showed that 278 bp band of P1 region and 853 bp band of VPg regionhad the highest similarity with PVY261 4 strain which was similar to the results of multiplex RT PCR test Inmultiple alignment ab3 and ch7 samples with 441 bp and 853 bp band patterns representative of the strain andtwo different symptom type showed the highest nucleotide similarity with the PVY261 4 based on nucleotidesequences of 441 bp band of HC Pro P3 and 853 bp band of VPg regions which was different from the resultsof the multiplex RT PCR test These results indicate that the annealing site of the primers is a more impo
استاد داور :
بهرام شريف نبي، مجيد طالبي
