پديد آورنده :
خليلي،ساجده
عنوان :
انتقال، دامنه ميزباني و برخي خصوصيات مولكولي ويروس رگه سبزرد مرغ
مقطع تحصيلي :
كارشناسي ارشد
گرايش تحصيلي :
بيماري شناسي گياهي
محل تحصيل :
اصفهان : دانشگاه صنعتي اصفهان
صفحه شمار :
چهارده، 99ص.: مصور، جدول، نمودار
استاد مشاور :
نفيسه پورجواد، ابوذر سورني
توصيفگر ها :
نوكلئورابدوويروس , ويروس رگه سبزرد مرغ , دامنه ميزباني , توالي ژنوم
استاد داور :
مسعود بهار، آقافخر ميرلوحي
تاريخ ورود اطلاعات :
1399/07/13
رشته تحصيلي :
مهندسي كشاورزي
تاريخ ويرايش اطلاعات :
1399/07/13
چكيده فارسي :
چكيده گياهان غير زراعي تيره غالت به ويژه گونه هاي چند ساله مانند مرغ ميزبان تعداد زيادي از ويروس هاي گياهي هستند به دليل كوتاه بودن عمر اكثر گياهان زراعي وجود گياهان وحشي يا علف هاي هرز براي بقا اكثر ويروس ها يك ضرورت حتمي و اساسي مي باشد به همين دليل مطالعه ويروس هاي موجود در علف هاي هرز مي تواند نقش مهمي در كنترل ويروس هاي بيماري زاي غالت داشته باشد ويروس رگه سبزرد مرغ cynodon chlorotic streak virus CCSV تاكنون از روي گياهان مرغ و ذرت گزارش شده است اين ويروس متعلق به جنس Nucleorhabdovirus مي باشد و توسط زنجرك Toya propinqua به صورت گردشي تكثيري منتقل مي شود به منظور رديابي ويروس رگه سبزرد مرغ گياهان مرغ داراي عالئم خطوط سبزرد و رنگ پريده از استانهاي اصفهان چهارمحال و بختياري و فارس جمع آوري شدند در تكنيك RT PCR با استفاده از جفت آغازگر عمومي رابدوويروس ها RhabF RhabR باند مورد نظر 970 bp در نمونهها تكثير گرديد بررسي توالي قطعه تكثير شده با استفاده از نرم افزار BLAST نشان دهنده شباهت باالي آن با توالي جدايه اي از CCSV از آفريقاي جنوبي موجود در بانك ژن با رس شمار 1 386056 EU بود به منظور تعيين توالي نوكلئوتيدي ژنوم جدايه ايراني ويروس رگه سبزرد مرغ CCSV IR و مقايسه آن با ساير رابدوويروسهاي گياهي موجود در بانك ژن RNA كل جدايه CCSV از اصفهان CCSV IR استخراج گرديد و به روش RNA Seq توالي يابي شد بررسي توالي هاي حاصل از RNA Seq وجود شش ژن را در CCSV IR مشخص كرد همرديف سازي چند تايي و آناليز تبارزايي بر اساس توالي نوكلئوتيدي و آمينو اسيدي هر يك از ژن ها بين CCSV IR و ديگر رابدوويروسهاي موجود در بانك ژن با استفاده از نرم افزار 0 4 DNAMAN ver و CLC viewer انجام گرديد همرديف سازي چند تايي نشان داد جدايه ايراني ويروس رگه سبزرد مرغ بيشترين شباهت را با ويروس موزائيك ايراني ذرت maize Iranian mosaic virus MIMV دارد بر اساس توالي آمينو اسيدي ژن پلي مراز CCSV IR بيشترين شباهت را با taro vein Morogoro maize associated virus MIMV chlorosis virus و maize mosaic virus به ترتيب به ميزان 57 9 36 4 26 و 2 26 داشت در ترسيم درخت تبارزايي CCSV IR با MIMV در يك گروه قرار گرفت به نظر مي رسد با توجه به ميزان تشابه باالي CCSV IR با MIMV و قرار گرفتن آن ها در يك گروه اين دو ويروس داراي يك نياي مشترك باشند به منظور بررسي تنوع ژنتيكي CCSV بخشي از ژن پلي مراز پنج جدايه CCSV شامل دو جدايه از اصفهان CCSV IR و CCSV Esf يك جدايه از فريدن CCSV Fra يك جدايه از شيراز CCSV Shi و يك جدايه از شهركرد CCSV Sha توالي يابي شدند همرديف سازي چند تايي نشان دهنده بيش ترين درصد تشابه در بين جدايههاي ايراني بين دو جدايه CCSV IR و CCSV Esf از اصفهان به ميزان 2 99 درصد و كمترين درصد تشابه بين جدايه CCSV Shi از شيراز با جدايه CCSV Fra از فريدن به ميزان 3 59 درصد بود در تعيين دامنه ميزباني CCSV IR انتقال ويروس با زنجرك ناقل Toya propinqua به يوالف جو و ذرت تائيد شد بر اساس نتايج حاصل از اين تحقيق نزديك ترين ويروس به CCSV IR ويروس موزائيك ايراني ذرت مي باشد با توجه به آلوده شدن گياهان مهمي مانند جو و ذرت به CCSV IR به نظر مي رسد به دليل فراواني ناقل آن چهارده
چكيده انگليسي :
Transmission host range and certain molecular properties of cynodon chlorotic streak virus sajedeh khalili sajedeh khalili@ag iut ac September 2 2020 Department of plant protectioon Isfahan University of Technology Isfahan IranDegree M Sc Language FarsiSupervisor Dr Amir MassahAbstractNon crop plants of the Poaceae family mainly perennial weed species such as Bermuda grass Cynodon dactylon are host of several viruses and can act as reservoir hosts for them Therefore the study of viruses in weed is a critical step in the control of viruses Cynodon chlorotic streakvirus CCSV has been reported to infect Bermuda grass and corn The virus belongs to thefamily Rhabdoviridae and the genus Nucleorhabdovirus and is transmitted by Toya propinqua ina circulative propagative manner To detect CCSV Bermuda grass samples with chlorotic streakssymptoms on leaves were collected from Isfahan Chaharmahal va Bakhtiari and Fars provinces In the RT PCR technique using the universal primer pair of rhabdoviruses RhabF RhabR theexpected size of the PCR product 970 bp was amplified in the samples In the BLAST search the sequence of the amplified segment showed high degree of homology to an isolate of CCSVreported from South Africa available at GenBank with the accession number of EU650683 1 Todetermine the nucleotide sequence of the Iranian isolate of CCSV CCSV IR total RNA wasextracted and its quantity purity and quality was evaluated using spectrophotometry andelectrophoresis Total RNA was sent for RNA sequencing RNA Seq analysis showed that CCSV IR has six genes on its genome same other nucleorhabdoviruses as 3 N P Gene 3 M G L 5 Multiple alignment based on the nucleotide and amino acid sequences of CCSV IR genes andthose of other rhabdoviruses available at GenBank using DNAMAN 4 0 and CLC Viewersoftwares was done Multiple alignment showed CCSV IR has the highest similarity to maizeIranian mosaic virus MIMV Morogoro maize associated virus MMaV taro vein chlorosisvirus TaVCV and maize mosaic virus MMV as 75 63 9 62 4 and 62 2 respectively Phylogenetic analysis based on the amino acid sequence of the L gene of CCSV IRand those of other rhabdoviruses with Neighbor joining method revealed CCSV IR is closer toMIMV than other nucleorhabdoviruses For determination of genetic variation of Iranian isolatesof CCSV the 970 bp segment of five isolates including CCSV IR and CCSV Esf from Isfahan CCSV Fra from Fraidan CCSV Sha from Shahrekord and CCSV Shi from Shiraz weresequenced Multiple alignment of the amino acid sequence of 970 bp of CCSV Iranian isolatesusing DNAMAN 4 0 software with the Neighbor joining method revealed high identity amongstIranian isolates ranging from 95 3 99 2 For determining the host range of CCSV intransmission test including Avena sativa Triticum sativum Oryza sativa Hordeum vulgare Zeamays Sorghum bicolor Secale montanum Panicum miliaceum Bromus tectorum Secale sp Hordum murinum and Cynodon dactylon Toya propinqua transmitted CCSV from infectedBermuda grass to Hordeum vulgare Zea mays Avena sativa and Cynodon dactylon Our resultsshowed that the closest virus to CCSV IR is MIMV Due to transmission of CCSV to essentialplants such as barley and corn and abundance of its vector T propinqua in nature it seems thatCCSV can infect cereals in nature and damage them Therefore detection of CCSV ingraminaceous plants in nature and estimation of its risk in the future researches should beconsidered Key words Nucleorhbdovirus cynodon chlorotic streak virus Host range genome sequence 100
استاد مشاور :
نفيسه پورجواد، ابوذر سورني
استاد داور :
مسعود بهار، آقافخر ميرلوحي
