پديد آورنده :
عسكري، زهرا
عنوان :
مطالعه ي نظري برهمكنش انانتيومرهاي 2+Ni[(phen)2(dppz)] - Λو -∆ با DNA و طيف هاي جذبي و دورنگ نمايي دوراني آن ها
مقطع تحصيلي :
كارشناسي ارشد
گرايش تحصيلي :
شيمي فيزيك
محل تحصيل :
اصفهان : دانشگاه صنعتي اصفهان
صفحه شمار :
پانزده، 108ص.
استاد راهنما :
حسين فرخ پور
استاد مشاور :
حسن حدادزاده
توصيفگر ها :
انانتيومر , نيكل(Ⅱ) , DNA , برهمكنش , داكينگ مولكولي , ONIOM , دورنگ نمايي دوراني , طيف جذبي
استاد داور :
كيامرث اسكندري- علي حسين كيانفر
تاريخ ورود اطلاعات :
1399/08/10
تاريخ ويرايش اطلاعات :
1399/08/10
چكيده فارسي :
چكيده هدف از اين پاياننامه بررسي تفاوت برهمكنش انانتيومرهاي نيكل شامل 2 Ni phen 2 dppz و 2 Ni phen 2 dppz با DNA به روش نظري است همچنين بررسي اثر تفاوت برهمكنش انانتيومرها با DNA بر روي طيف جذبي و دورنگنمايي دوراني circular dichroism CD مورد بررسي قرار گرفت علت انجام اين پژوهش اين بود كه تاكنون رفتار دو انانتيومر يك كمپلكس معدني در كنار DNA از طريق محاسبات نظري در مقاالت بررسي نشده است با توجه به اطالعات تجربي برهمكنش اين دو انانتيومر با DNA و اطالعات طيفي مربوط به آنها مطالعهي نظري عميقي در اين مورد انجام شد در ابتدا مطالعات داكينگ مولكولي با جزئيات كامل در شرايط كامال يكسان بر روي هر انانتيومر صورت گرفت در فرآيند داكينگ DNA با يك و دو انانتيومر به طور جداگانه برهمكنش داده شده است و ساختار انواع كمپلكسها شامل DNA DNA DNA DNA DNA و DNA به دست آمد فرآيند داكينگ دو شيوهي برهمكنش متفاوت براي دو انانتيومر پيشبيني نمود به طوري كه انانتيومر تمايل دارد كه دو ليگاند خود شامل dppz و phen را در شيار DNA قرار دهد در حالي كه انانتيومر تنها ليگاند dppz را در شيار DNA قرار ميدهد در داكينگ دومين انانتيومر به كمپلكس هاي قبلي مشاهده گرديد كه انانتيومر دوم تمايل به قرارگيري در كنار انانتيومر اول را دارد و احتمال قرار گرفتن دو انانتيومر دور از يكديگر در برهمكنش با DNA كم است به منظور به دست آوردن برآورد بهتري ازمقدار انرژي برهمكنش انانتيومرها با DNA و مشاهده تمايل انانتيومرها براي برهمكنش از نوع اينتركليشن با DNA محاسبات كوانتومي نيمهتجربي 6 PM و محاسبات كوانتومي در چارچوب ONIOM در فاز گازي و حالل آب به طور جداگانه انجام شدند مالحظه گرديد كه برهمكنش انانتيومر با DNA از برهمكنش با DNA قويتر است ساختارهاي بهينه شده با استفاده از روشهاي كوانتومي با ساختارهاي مشابه كه از داكينگ مولكولي به دست آمدهاند مقايسه شدند تا تاثير برهمكنش انانتيومرها برروي پلههاي DNA در مجاورت انانتيومرها آشكار شود همچنين تغيير در جهتگيري انانتيومر در شيار DNA نيز بررسي شد در محاسبات ONIOM انانتيومر در اليهي باال با انتخاب روش M06 2X در نظر گرفته شده است طيفهاي جذبي و CD انانتيومرها در حالت منزوي و در برهمكنش با DNA محاسبه شدند و تفاوت دو انانتيومر از ديدگاه طيفي وقتي در حال برهمكنش هستند بررسي شد محاسبات نشان دادند كه شدت طيفهاي CD هر دو انانتيومر در اثر برهمكنش با DNA كاهش مييابد كه اين كاهش براي انانتيومر بيشتر از است نتايج به دست آمده در اين پژوهش پيشنهاد ميكنن د كه تبديل انانتيومر به كندتر از معكوس آن است كه اين موضوع در توافق با نتايج تجربي است كلمات كليدي انانتيومر نيكل DNA برهمكنش داكينگ مولكولي ONIOM دورنگنمايي دوراني طيف جذبي
چكيده انگليسي :
109 Theoretical Study of the Interaction of and Ni phen 2 dppz 2Enantiomers with DNA and their Absorption and Circular Dichroism Spectra Zahra Askari zahra askari@ch iut ac ir Department of Chemistry Isfahan University of Technology 84156 83111 Isfahan IranDegree M Sc Language FarsiSupervisor Associate Professor H Farrokhpour E Mail h farrokh@iut ac irAdvisor Professor H Hadadzadeh E Mail hadad@iut ac irAbstract The aim of this research is the investigation of the difference between theinteraction of two enantiomers of Ni II Ni phen 2 dppz 2 and Ni phen 2 dppz 2 with DNA using the theoretical methods Also the effect of this interaction energydifference on the absorption and circular dichroism CD spectra of the enantiomers wasinvestigated The reason for performing this research is a this is the first theoretical studyon the interaction of the enantiomers of an inorganic complex with DNA b experimentalspectral and kinetic information about the conversion of mentioned enantiomers interactingwith DNA are available in the literature In the first part of the study a detailed moleculardocking study was performed for each enantiomer separately to find the best interactionsite of the DNA for the enantiomers The docking of one and two enantiomers to the DNAwas performed separately and the structure of complexes including DNA DNA DNA DNA DNA and DNA were determined Two different interactionmodes were explored for each enantiomer so that the enantiomer tends to locate its dppzand one phen ligands in the groove of DNA while the enantiomer tends to locate its dppzligand in the groove of DNA In the docking of the second enantiomer to DNA and DNA complexes it was observed that the second enantiomer tends to locate near the firstenantiomer and the probability of locating two enantiomers far away from each otherinteracting with DNA is low To obtain more reasonable values for the interaction energiesof enantiomers and examine the tendency of enantiomers for the intercalation interaction the semiempirical quantum study employing PM6 method and quantum calculation in theONIOM scheme was performed in the gas phase and water separately In the ONIOMmethod the enantiomers were considered in the high layer employing M06 2X functional It was observed that the interaction of the enantiomer with DNA is stronger than that of enantiomer The optimized structures of complexes obtained from the quantumcalculations were compared to the corresponding structures obtained from the dockingstudy to investigate the effect of the interaction on the position of the DNA base pairs inthe direct interaction with enantiomers The absorption and CD spectra of isolatedenantiomers and enantiomers interacting with DNA were calculated and compared witheach other The calculations showed that the interaction with DNA decreased the opticalrotatory strength of the enantiomers compared to that of isolated enantiomers which thisdecrease for the enantiomer is more than that of enantiomer The results of this researchpropose that the conversion of to is slower than the conversion of to Keywords Enantiomer Nickle DNA Interaction Molecular Docking ONIOM Circular Dichroism Absorption Spectrum
استاد راهنما :
حسين فرخ پور
استاد مشاور :
حسن حدادزاده
استاد داور :
كيامرث اسكندري- علي حسين كيانفر
