16433

14637

كارشناسي ارشد

بيوتكنولوژي كشاورزي

اصفهان : دانشگاه صنعتي اصفهان

1399

سيزده، 85ص.: مصور، جدول، نمودار

ابوذر سورني

حسين فلسفين

مجيد طالبي، امير مساح

1400/02/18

كتابنامه

كشاورزي

مهندسي كشاورزي

1400/02/19

2690074

چكيده پايگاههاي دادههاي زيستي شامل مجموعه اي از دادهها است كه به صورت ساختار يافته قابل جستوجو و به روزرساني شده ميباشد و نقشي اساسي در بيوانفورماتيك و تجزيهوتحليل دادههاي بيولوژيك دارند از مهمترين ويژگيهاي پايگاههاي داده ميتوان به سهولت دسترسي به دادههايي با حجم زياد تلفيق دادهها به اشتراكگذاري دادهها و پويا بودن و سهولت آناليز دادهها اشاره كرد در واقع پايگاههاي اطالعاتي فرصت مناسبي را براي دستيابي به طيف گستردهاي از دادههاي زيستي از جمله توالي ژنومي موجودات مختلف در اختيار محققين قرار ميدهند با آشكار شدن اهميت باالي اين نوع بانكهاي اطالعاتي ساالنه شاهد گسترش آنها و ايجاد بانكهاي اطالعاتي جديد ميباشيم تريپال يكي از مهمترين و پركاربردترين ابزارها جهت ايجاد پايگاههاي دادهي آنالين ژنومي ژنتيكي يا ساير پايگاههاي بيولوژيكي است تريپال بر مبناي دروپال است كه يك سيستم مديريت محتوا به منظور نصب و مديريت وبسايتها ميباشد همچنين تريپال به طور پيش فرض با چادو ادغام شدهاست كه براي كمك به ذخيرهسازي روابط پيچيده دادههاي بيولوژيكي ايجاد شدهاست با استفاده از دادههاي خام توالييابي نسل جديد مسيرهاي متابوليكي سنتز ترپنها در گياهان آويشن طي مطالعات گذشته شناسايي شده است جنس آويشن به دليل داشتن خواص دارويي و معطر بودن از ارزش اقتصادي بسيار بااليي برخوردار است از طرف ديگر اطالعات ترنسكريپتومي در رابطه با هفت گونه آويشن T persicus T lancifolius T daenensis T armeniacus T vulgaris T pubescens و Z multiflora موجود ميباشد در همين راستا يك بانك اطالعاتي با عنوان Terpene DB ايجاد شد كه در آن اطالعات ژنومي و ترانسكريپتومي اين گونهها قرار دادهشد از جمله بخشهاي مختلف اين بانك اطالعاتي ميتوان به بخش دانلودها ابزار ارگانيسمها مسيرهاي بيوسنتزي و لينكهاي مرتبط اشاره كرد كلمات كليدي بانكهاي اطالعاتي تريپال دروپال NGS آويشن ژنوم ترانسكريپتوم ترپنها 1

Creating transcriptome database for thymus species using transcriptome data Mohammad hossein Pakdel mhpakdel96@ag iut ac ir March 9 2021 Department of Biotechnology Isfahan University of Technology Isfahan 84156 83111 IranDegree M Sc Language Farsi1st Supervisor Aboozar Soorni soorni@iut ac irAbstractBiodatabases contain a collection of data that is structured searchable and up to date and play akey role in bioinformatics and the analysis of biological data The most important features ofdatabases are ease of access to large volumes of data data integration data sharing and dynamismand ease of data analysis In fact databases provide a good opportunity for researchers to accessa wide range of biological data including the genomic sequences of different organisms As theimportance of these types of databases becomes apparent we are witnessing their expansion andthe creation of new databases every year Tripal is one of the most important and most usable toolsfor creating online genomic genetic or other biological databases Tripal is based on Drupal acontent management system for installing and managing websites Tripal is also integrated withChado by default to help store complex relationships of biological data Using raw new generationsequencing data metabolic pathways of terpene synthesis in thyme plants have been identified inprevious studies Thyme has a very high economic value due to its medicinal and aromaticproperties On the other hand transcriptomial information is available on seven species of thyme T armeniacus T daenensis T lancifolius T persicus T pubescens T vulgaris and Z multiflora In this regard a database called Terpene DB was created in which the genomic andtranscriptomic information of these species were placed Among the various sections of thisdatabase are downloads tools organisms biosynthetic pathways and related links Key words Databases Tripal Drupal NGS Thyme Genome Transcript Terpenes 86

ابوذر سورني

حسين فلسفين

مجيد طالبي، امير مساح