توصيفگر ها :
آليوم , DEGs , RNAseq , مسير سولفور
چكيده فارسي :
چكيده
آليوم يكي از جنس‌هاي شناخته‌شده از خانواده Amaryllidaceae است كه داراي بيش از 780 گونه است. پياز، سير، تره‌فرنگي و موسير مهم‌ترين گونه‌هاي اين تيره هستند. Allium hirtifolium (موسير) منبعي غني از پروتئين‌ها، كربوهيدرات‌ها، ليپيدها، اسيدهاي آمينه و تركيبات فعال زيستي مانند تركيبات گوگرد آلي با طيف گسترده‌اي از فعاليت‌هاي بيولوژيكي و ويژگي‌هاي دارويي است. براي شناسايي تركيبات و ژن‌هاي احتمالي درگير در مسير گوگرد آلي، تكنيك‌هاي RNA-seq براي بافت‌هاي كورم، ساقه و گل گياه A. hirtifolium اعمال شد. پروفيل ترانسكريپتوم به ترتيب 6155، 6494 و 4259، DEGs را براي كورم در مقابل گل، كورم در مقابل ساقه و گل در مقابل ساقه نشان داد. به‌طوركلي، ژن‌هاي بيشتري در بافت گل در مقايسه با بافت ساقه و كورم به‌عنوان بيش بيان‌شده شناسايي شدند. يافته‌هاي ما مطابق با نتايج ديگر از مقالات مختلف، نشان مي‌دهد كه كربوهيدرات‌ها براي شكل‌گيري و توسعه كورم حياتي هستند، زيرا تعداد زيادي از DEGs شناسايي‌شده (586 ژن) براي متابوليسم كربوهيدرات ترسيم‌شده‌اند. اين مطالعه ژن‌هاي موجود در مسير سنتز گوگرد آلي را شناسايي كرده و نشان داد كه ژن آليناز تنوع بالايي در بين بافت‌هاي مختلف نشان مي‌دهند. به‌طوركلي، اين مطالعه اطلاعات مفيدي را براي كشف مسير گوگرد خاص بافت در A. hirtifolium تشكيل داد كه براي اصلاح عملكرد مفيد است.
چكيده انگليسي :
Abstract
Allium is one of the well-known genera of the Amaryllidaceae family, which contains over 780 species. Onions, garlic, leeks, and shallots are the most important species of this genus. Allium hirtifolium (shallot) is a rich source of proteins, carbohydrates, lipids, amino acids, and bioactive compounds such as organic sulfur compounds with an expansive range of biological activities and medicinal attributes. To identify the putative compounds and genes involved in the organic sulfur pathway, we applied RNA-seq techniques for the bulb, stem, and fower tissues of A. hirtifolium. Transcriptome profling showed 6155, 6494, and 4259 DEGs for bulb vs. fower, bulb vs. stem, and fower vs. stem, respectively. Overall, more genes were identifed as being up-regulated rather than down-regulated in fower tissue compared to the stem and bulb tissues. Our fndings in accordance with other results from diferent papers, suggest that carbohydrates are vital to bulb formation and development because a high number of identifed DEGs (586 genes) were mapped to carbohydrate metabolism. This study has detected the genes in the organic sulfur pathway and indicated that the alliinase gene shows a high variability among diferent tissues. In general, this study formed a useful genomic resource data to explore tissue-specifc sulfur pathway in A. hirtifolium, which is helpful for functional breeding.
