توصيفگر ها :
ويروس چروكيدگي قهوهاي ميوه گوجهفرنگي , ويروس موزاييك گوجهفرنگي , ويروس موزاييك توتون , واكنش زنجيرهاي پليمراز با نسخهبرداري معكوس , انتقال از طريق بذر
چكيده فارسي :
گوجهفرنگي (Solanum lycopersicum) از خانواده Solanaceae يكي از مهمترين محصولات سبزي در جهان است و ايران نيز از نظر توليد آن، مقام يازدهم را در جهان به خود اختصاص داده است. با اين وجود، شيوع سالهاي اخير بعضي از ويروسها از جمله ويروسهاي متعلق به جنس Tobamovirus به توليد اين محصول در ايران و به ويژه استان اصفهان خسارات زيادي را وارد كردهاست. ويروس موزاييك توتون tobacco mosaic virus (TMV)، ويروس موزاييك گوجهفرنگي tomato mosaic virus (ToMV) و ويروس چروكيدگي قهوهاي ميوه گوجهفرنگي tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV)از مهمترين ويروسهاي اين جنس ويروسي هستند. بهمنظور رديابي اين سه ويروس مهم در گلخانههاي استان اصفهان، طي سالهاي 1401-1402، نمونههاي گوجهفرنگي با علايم توصيفشده براي توباموويروسها جمعآوري شدند. از نمونههاي مزبور RNA كل به روش CTAB استخراج شد و سپس RT-PCR با جفت آغازگرهاي اختصاصي جنس توباموويروس (TobamoF/TobamoR)، TMV (TMVF/TMVR)، ToMV (ToMVF/ToMVR) و ToBRFV (ToBRFVF/ToBRFVR) انجام شد. در آزمون RT-PCR در بيشتر نمونهها (62 از 65 نمونه) قطعات مورد انتظار با جفت آغازگرهاي TobamoF/TobamoR و ToBRFVF/ToBRFVR تكثير شد، ولي هيچ قطعهاي با جفت آغازگرهاي TMVF/TMVR و ToMVF/ToMVR تكثير نگرديد. محصول PCR تعدادي از نمونهها تعيين توالي نوكلئوتيدي گرديد و با نرمافزار BLASTn بررسي شد، كه براساس نتايج بهدستآمده، حضور ويروس ToBRFV در گلخانههاي استان اصفهان تأييد شد. بهمنظور انجام مقايسه مولكولي جدايههايToBRFV، ژن پروتيين پوششي در پنج جدايهي شامل Tiran، Flavarjan، Dehaghan، Saman و Shahinshahr تكثير و تعيين ترادف نوكليوتيدي شد. بعد از همرديفسازي چندتايي با استفاده از نرمافزارDNAMAN X 10.0.2.128 ، درخت فيلوژنتيكي براساس توالي نوكليوتيدي ژن پروتيين پوششي با استفاده از نرمافزار MEGA7.0.26 به روش maximum likelihood و با درجه اعتبارسنجي (bootstrap) 1000 رسم شد. بر اساس نتايج حاصل از همرديفسازي چندتايي، جدايههاي اين تحقيق و جدايههاي موجود در بانك ژن به ميزان 6/99 تا 100 درصد با يكديگر شباهت داشتند و در درخت تبارزايي ترسيمشده، جدايههاي ToBRFV اين پژوهش با جدايههاي ToBRFV موجود در بانك ژن همگي در يك كلاد، نزديك به كلاد مربوط به جدايههاي TMV قرار گرفتند، كه نشان ميدهد TMV نزديكترين ويروس به ToBFRV ميباشد. ميزان آلودگي بذور گوجهفرنگي حاصل از ميوههاي آلوده، با استفاده از RT-PCR با جفت آغازگر اختصاصي ToBRFV (ToBRFVF/ToBRFVR) تعيين شد و مشخص گرديد از 57 بذر، 35 عدد (61 درصد) آلوده به ويروس هستند. در آزمون انتقال ويروس از طريق بذر، از 85 گياهچه حاصل از بذور بهدستآمده از ميوههاي آلوده در مرحلهي 4 تا 6 برگيRNA كل استخراج شد و سپس RT-PCR با جفت آغازگر اختصاصي ToBRFV (ToBRFVF/ToBRFVR) انجام شد. در اين آزمايش در پنج گياهچه از 82 گياهچه (%6) قطعه مورد انتظار تكثير شد، كه نشان ميدهد ميزان انتقال ToBFRV از بذر به گياهچه بسيار كمتر از ميزان آلودگي بذرها (1/. برابر) ميباشد. به اين لحاظ، توجه به استفاده از بذر و نشاء عاري از ويروس در مديريت ToBFRV در گلخانههاي گوجهفرنگي نقش بسيار مهمي دارد.
چكيده انگليسي :
Tomato (Solanum lycopersicum) belonging to the Solanaceae family, is one of the most important vegetable crops in the world with Iran ranking eleventh in its production. In recent years, however, tomato production has been affected by outbreaks of various viruses, particularly those in the Tobamovirus genus. Important species from this genus include tobacco mosaic virus (TMV), tomato mosaic virus (ToMV), and tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV). To detect TMV, ToMV and ToBRFV during 2021-2022, samples were collected from tomato greenhouses showing symptoms associated with tobamoviruses in Isfahan province. Total RNA was extracted from the samples using the CTAB method. Subsequently, RT-PCR was performed using specific primer pair for the Tobamovirus genus (TobamoF/TobamoR), TMV (TMVF/TMVR), ToMV (ToMVF/ToMVR) and ToBRFV (ToBRFVF/ToBRFVR). In the RT-PCR, expected amplicons for the TobamoF/TobamoR and ToBRFVF/ToBRFVR primer pairs were amplified in 62 out of 65 samples, while no amplicons were detected with the TMVF/TMVR and ToMVF/ToMVR primer pairs. The PCR products of some samples were sequenced and analyzed using BLASTn, confirming the presence of the ToBRFV virus in the greenhouses of Isfahan province. For molecular comparisons of ToBRFV isolates, the coat protein gene of five isolates including Tiran, Flavarjan, Dehaghan, Saman, and Shahinshahr was amplified by RT-PCR using ToBRFV specific primer pair (ToBRFVF/ToBRFVR) and sequenced. Multiple sequence alignment was performed using the DNAMAN X 10.0.2.126 software, and a phylogenetic tree was constructed by the maximum-likelihood method with 1000 bootstrap replicates using MEGA 7.0.26 software based on the nucleotide sequence of the coat protein gene. The multiple sequence alignment revealed that the isolates from this study showed 99.6% to 100% similarity with available isolates in GenBank. The phylogenetic tree indicated that the ToBRFV isolates from this research clustered together with the ToBRFV isolates available in GenBank, near the TMV isolates clade, suggesting that TMV is the closest relative to ToBFRV. Furthermore, the rate of seed contamination from ToBRFV-infected fruits was assessed by RT-PCR revealing that out of 57 seeds tested, 35 (61%), were infected with the virus. For the virus transmission test through seeds, RNA was extracted from 85 seedlings derived from seeds obtained from infected fruits at the 4 to 6 leaf stage, followed by RT-PCR using specific ToBRFV primer pair (ToBRFVF/ToBRFVR). In this experiment, 5 out of 85 seedlings (6.1%) displayed the expected amplicon, indicating that the rate of virus transmission from seed to seedling is significantly lower than the rate of infection in seeds. Regarding the transmission of ToBFRV through seeds and its high efficiency in plant-to-plant transmission, the use of virus-free seeds and seedlings is crucial for effective virus management.
