پديد آورنده :
كاظمي فر، فرزانه
عنوان :
بررسي پارامترها تاثيرگذار در شبيه سازي ديناميك مولكولي كانال يوني پتاسيم KcsA
مقطع تحصيلي :
كارشناسي ارشد
محل تحصيل :
اصفهان: دانشگاه صنعتي اصفهان، دانشكده فيزيك
صفحه شمار :
نه، 57ص.: مصور، جدول، نمودار
يادداشت :
ص. ع. به فارسي و انگليسي
استاد راهنما :
جواد هاشمي فر، وحيد سالاري
استاد مشاور :
مجتبي اعلايي
توصيفگر ها :
پروتئين , كانال يوني KcsA , يون پتاسيم , فيلتر انتخاب گر , قدرت يوني , ديناميك مولكولي , شعاع قطع , اختلاف پتانسيل
استاد داور :
ممتحن داخلي1: اسماعيل عبدالحسيني، ممتحن داخلي2: حجت قلي زاده
تاريخ ورود اطلاعات :
1396/02/17
چكيده انگليسي :
Investigation of in uential parameters on the molecular dynamics simulation of Potassium ion channel KcsA Farzaneh Kazemifar f kazemifar@ph iut ac ir January 15 2017 Department of Physics Isfahan University of Technology Isfahan 84156 83111 Iran University Code IUT 77142Degree M S c Language FarsiSupervisor 1 Dr S J Hashemifarhashemifar@cc iut ac irSupervisor 2 Dr V Salarivahidsalari@cc iut ac irAbstractIn this project we intend to investigate operation of potassium ion channel one of the most important biological molecules by using classical moleculardynamics simulations Potassium ion channel is a membrane protein and theelectric potential di erence on it s sides cause an electric eld This electric eld leads owing of ions through the channel After the simulation we foundthat ionic strength of aqueous solution which channel is located plays a criticalrole on simulations of Potassium ion s dynamics Applying ionic strength closeto physiological conditions of the organism by creating a localized electric eldweakens main electric eld and thus disturbes the ow of ions along the channel By increasing the electric eld disorder was redduced and the ow of ions wasdone correctly It was also observed that the change of truncation radiusesrelated to calculation the short range and long range forces a ects on the resultsof molecular dynamics simulations considerably Then some possible e ects suchas ion trapping by carbonyl groups of lter and ion cooling in the lter wasinvestigated classical simulations can show ion trapping but they are not ableto indicate ion cooling we observed decrease of ion s velocity in the lter byplotting velocity autocorrelation function Keywords protein KcsA ion channel Potassium ion selectivity lter ionicstrength molecular dynamics truncation radius electric potential di erence
استاد راهنما :
جواد هاشمي فر، وحيد سالاري
استاد مشاور :
مجتبي اعلايي
استاد داور :
ممتحن داخلي1: اسماعيل عبدالحسيني، ممتحن داخلي2: حجت قلي زاده
