پديد آورنده :
همتي ها، اسما
عنوان :
تأثير نوع فلز مركزي و عدد اكسايش آن بر برهمكنش كمپلكس هشت وجهي ملوكسيكام با DNA چهاررشته اي
مقطع تحصيلي :
كارشناسي ارشد
گرايش تحصيلي :
شيمي فيزيك
محل تحصيل :
اصفهان: دانشگاه صنعتي اصفهان، دانشكده شيمي
صفحه شمار :
[يازده]،62ص.: مصور، جدول، عكس(رنگي)، نمودار
يادداشت :
ص. ع. به فارسي و انگليسي
استاد راهنما :
حسين فرخ پور
استاد مشاور :
حسن حدادزاده، فاطمه آبيار
توصيفگر ها :
DNA چهاررشته اي , ملوكسيكام , داكينگ مولكولي , ONIOM
استاد داور :
بيژن نجفي، كيامرث اسكندري
تاريخ ورود اطلاعات :
1396/02/25
چكيده فارسي :
چكيده DNA چهاررشتهاي ساختار ثانويه غير متعارفي از DNA است كه در قسمت انتهايي كروموزوم كه تلومر نام دارد تشكيل ميشود شناسايي اين ساختار و پيشرفت آن به عنوان هدف درماني براي داروهاي ضد سرطان در سالهاي اخير باعث طراحي داروهاي متنوع براي برهمكنش با DNA چهاررشتهاي به منظور درمان سرطان شدهاست تا به حال دو گروه عمده داروها كه شامل تركيبات آلي و تركيبات معدني هستند براي اين بررسيها استفاده شدهاند كه داراي اثرگذاري متفاوتي هستند ملوكسيكام به عنوان يك داروي ضد التهاب غيراستروئيدي داراي فعاليت ضد سرطاني است و در گروه داروهاي با تركيبات آلي قرار دارد طبق تحقيقات پزشكي اخير استفاده از فلزات براي تشكيل كمپلكسهاي دارويي باعث عملكرد بهتر داروها ميشود و برهمكنش قويتري بين داروها و زيست مولكولها نشان ميدهد در همين راستا اين پاياننامه با هدف بررسي تاثير فلز مركزي در برهمكنش كمپلكسهاي فلزي با DNA چهاررشتهاي انجام شد به اين منظور كمپلكسهاي فلزي هشتوجهي كه بر پايه ليگاند دارويي ملوكسيكام 2 trans M Hmel 2 EtOH و انواع مختلفي از فلزات واسطه جدول تناوبي بودند براي برهمكنش با DNA چهاررشتهاي انتخاب شدند به صورتي كه تنها تفاوت اين كمپلكسها در فلز مركزي آنها بوده و ديگر ويژگيهاي ساختاري آنها كامال مشابه است براي بررسي نوع و ميزان برهمكنش از دو روش محاسباتي داكينگ مولكولي و ONIOM استفاده گرديد در محاسبات فلزات مختلف 3 Cr2 Cr 3 Mn2 Mn 3 Fe2 Fe3 Co2 Co 4 Ni2 Ni4 Cu2 Cu4 Zn2 Mo4 Ru2 Ru3 Rh2 Rh3 Pd4 Os2 Os3 Ir2 Ir3 Pt به عنوان فلز مركزي كمپلكسها انتخاب شدند و عمليات داكينگ مولكولي در شرايط كامال يكسان بر روي آنها صورت گرفت نتايج نشان دادند كه انرژي برهمكنش كمپلكس و DNA مستقل از نوع فلز مركزي است و فلز مركزي دخالت مستقيمي در ميزان برهمكنش با DNA ندارد برهمكنش ها تنها وابسته به عدد اكسايش فلز است به طوري كه با افزايش عدد اكسايش فلز مركزي انرژي برهمكنش افزايش مييابد در مرحله بعد به منظور محاسبات دقيقتر پيرامون اين موضوع و در نظر گرفتن اثرات كوانتومي انرژي برهمكنش كمپلكسها و DNA از طريق محاسبات ONIOM بررسي شد در شيوه اول محاسبات ONIOM اليههاي بااليي و پاييني به نحوي انتخاب شدند كه انرژي برهمكنش بين كمپلكسها و DNA از طريق محاسبات مكانيك مولكولي محاسبه گرديد در شيوه دوم به علت انتخاب اليههاي پاييني و بااليي مناسب برهمكنشهاي بين دو مولكول به وسيله مكانيك كوانتومي انجام گرفت كه باعث حاصل شدن نتايج دقيقتري شد در هر دو شيوه ابتدا در شرايطي كه كمپلكس به صورت انعطافپذير و DNA غير قابل انعطاف و تغيير ساختار بود بهينهسازي شدند و عمليات محاسباتي بر روي آنها انجام گرديد نتايج محاسبات ONIOM حاكي از آن است كه مشابه نتايج داكينگ مولكولي انرژي برهمكنش بين كمپلكس و DNA مستقل از نوع فلز مركزي و وابسته به عدد اكسايش فلز است همچنين با افزايش عدد اكسايش برهمكنشها قويتر ميشوند و بيشترين برهمكنش مربوط به كمپلكسهاي با فلزات مركزي داراي عدد اكسايش4 است كلمات كليدي DNA چهاررشتهاي ملوكسيكام داكينگ مولكولي ONIOM
چكيده انگليسي :
The effect of the kind of central metal and its oxidation number on the interaction of meloxicam octahedral complex with G quadruplex DNA Asma Hematiha a hematiha@yahoo com 2017 Department of Chemistry Isfahan University of Technology Isfahan 84156 83111 IranDegree M Sc Language Farsi Supervisor Dr Hossein Farrokhpour E mail Farrokhphossein@gmail com h farrokh@cc iut ac irAbstractGuanine quadruplex DNA G quadruplex DNA is a kind of secondary structure of DNA that formed at the bottomof chromosome telomere Nowadays the different G quadruplex DNAs are used as novel targets for the designand development of anticancer drugs organic and inorganic compounds Meloxicam as a nonsteroidal anti inflammatory drug NSAID has anticancer activity and recently has been used as a ligand in metal complexes Ithas been shown that the functionality and the interaction of meloxicam with targets improve when it is used as aligand in the structure of metal complexes The main aim of this thesis is to investigate the effect of central metal the kind of atom and its oxidation number on the interaction of the metal complexes containing meloxicam as aligand with the G quadruplex DNA For this purpose the octahedral complexes trans M Hmel 2 EtOH 2 M Cr2 Cr 3 Mn2 Mn 3 Fe2 Fe3 Co2 Co 3 Ni2 Ni4 Cu2 Cu4 Zn2 Mo4 Ru2 Ru3 Rh2 Rh3 Pd4 Os2 Os3 Ir2 Ir3 Pt4 which have two mono anionic meloxicam molecules in their equatorial positions wereselected Two different computational techniques including molecular docking and ONIOM were used forcalculating the interaction of complexes with G quadruplex The docking calculations were performed on tencomplexes containing metal atoms with 2 and 3 oxidation numbers It is observed that the calculated free bindingenergies of the complexes with the different metal atoms and the same oxidation number are nearly equal to eachother Also the docking calculations show that the oxidation number of central atom has significant effect on theincrease of the interaction energy For more accurate investigation the calculations were performed in the ONIOMscheme in two different ways a The complex and DNA were considered in the high and low layers respectivelyand the interaction energy between complex and DNA was calculated using molecular mechanics b the complexand a part of DNA which has the dominant interaction with the complex were considered in the high layer andthe rest of DNA was in in low layer respectively In this case the interaction of the complex and DNA wascalculated using quantum mechanics In both ways the structure of complex was flexible while the structure ofDNA was rigid The calculated interaction energies show the same result similar to the docking calculations Keywords G quadruplex DNA meloxicam molecular docking ONIOM
استاد راهنما :
حسين فرخ پور
استاد مشاور :
حسن حدادزاده، فاطمه آبيار
استاد داور :
بيژن نجفي، كيامرث اسكندري
