عنوان :
شناسايي آنالوگ هاي ژن مقاومت به بيماري‌ها (RGAs) در ژنوتيپهاي انگور ايراني
مقطع تحصيلي :
كارشناسي ارشد
گرايش تحصيلي :
بيوتكنولوژي كشاورزي
محل تحصيل :
اصفهان: دانشگاه صنعتي اصفهان، دانشكده كشاورزي
صفحه شمار :
شانزده، 90ص.: مصور، جدول، نمودار
يادداشت :
ص. ع. به فارسي و انگليسي
استاد راهنما :
مجيد طالبي، بهرام شريف نبي
توصيفگر ها :
انگور , ژنهاي مقاومت , RGA , نشانگر SCoT , نشانگر SRAP
استاد داور :
ايراهيم طباطبايي، جهانگير خواجه علي
تاريخ ورود اطلاعات :
1396/05/09
چكيده فارسي :
1 چكيده روش هاي متعارف اصالح گياهان براي مقاومت به تنشهاي زنده از جمله مقاومت به بيماريهاي گياهي با محدوديتهايي از قبيل نبود منابع مقاومت درك ضعيف از وراثت صفات مقاومت و نياز به چرخه اصالحي طوالني براي انتقال ژنهاي مقاومت به ارقام تجاري رو به رو است در اين زمينه ابزارهاي ژنتيكي در قالب تكنيكهاي نشانگر مولكولي مهندسي ژنتيك با روش ترانسژنيك جايگزين اميدوار كنندهاي براي تسريع در فرآيند شناسايي رديابي و ادغام ژنهاي مسئول مقاومت به بيماريهاي گياهي است براي تحقق اين روش درك مكانيسمهاي دفاعي گياهان در سطح مولكولي سطح DNA يك شرط ضروري است اولين قدم براي درك مكانيسم دفاع گياه جداسازي و شناسايي ژنهاي مقاومت گياهي است كه در سالهاي اخير تعدادي از ژنهاي مقاومت در برابر بيماري RGA در چندين گونه گياهي با موفقيت كلون و شناسايي شده است در اين تحقيق با استفاده از آغازگرهاي هم ارز طراحي شده از مناطق محافطت شده اين ژن ها و تكنيك PCR به مطالعه آنالوگ ژنهاي مقاومت به بيماري RGA در ژنوتيپهاي انگور پرداخته شده است با استفاده از دو جفت آغازگر همارز OLE و 2 BP كه از مناطق محافظت شده دامنههاي NBS ژنهاي مقاومت NBS LRR گياهان ديگر طراحي شدهاند تعداد 91 عدد RGA از ژنوتيپهاي انگور ايراني شناسايي شد پس از BLAST تواليهاي نوكلئوتيدي در بانك ژن شباهت حدود 09 درصدي با ساير RGA هاي شناخته شده RGA بودن اين قطعات تأييد شد ترسيم درخت فيلوژنتيكي براي تواليها نشان داد كه فاصله جغرافيايي در تنوع RGA ها تأثير دارد مقايسه توالي پروتئيني RGA هاي شناخته شده در اين تحقيق با توالي پروتئيني چندين RGA شناخته شده از گياهان ديگر كتان آرابيدوبسيس و تنباكو با استفاده از ClustalW نشان داد كه تمام RGA هاي شناسايي شده داراي دو دامنههاي محافظت شده و مشترك PLOP Kinase و GLPLA با يكديگر و با ژنهاي شناخته شده ميباشند با توجه با اين مطلب RGA هاي شناخته شده در اين تحقيق از كالس RGA NBS LRR ها ميباشند و متعلق به زير گروه TIR NBS LRR هستند همچنين تنوع ژنتيكي 67 ژنوتيپ انگور ايراني توسط نشانگر SCoT و SRAP بررسي گرديد با استفاده از 31 آغازگر نشانگر SCoT و 31 تركيب آغازگري نشانگر SRAP به ترتيب مجموع 091 و 961 نوار تكثير شد تعداد 901 عدد نوار براي نشانگر SCoT و 18 عدد براي نشانگر SRAP چند شكل بودند همچنين مقدار 0 3525 PIC براي نشانگر SCoT و 9633 0 براي نشانگر SRAP توانايي و قدرت متوسط اين نشانگرها براي شناسايي چند شكلي در ژنوتيپهاي مورد مطالعه را نشان داد قرارگيري ژنوتيپهاي مختلف در گروههاي متفاوت برروي دندروگرام حاصل از دادههاي دو نشانگر و همچنين نتايج حاصل از تجزيه به مؤلفههاي اصلي تعديل شده سه مؤلفه اول كه در مجموع درصد بااليي 66 76 درصد براي نشانگر SCoT و 68 96 درصد براي نشانگر SRAP از تغييرات را توجيه كردند نشان دادكه دو نشانگر SCoT و SRAP كارايي الزم جهت بررسي تنوع و تفكيك ژنوتيپهاي انگور را دارند واژههاي كليدي انگور ژنهاي مقاومت RGA نشانگر SCoT نشانگر SRAP
چكيده انگليسي :
92 Identification of Resistance Gene Analogs RGAs in Iranian Grapevine Genotypes Aziz Dazeh azizdazeh@gmail com June 21 2017 Department of Agricultural Biotechnology Isfahan University of Technology Isfahan 84156 83111 IranDegree M Sc Language FarsiSupervisors M Talebi mtalebi@cc iut ac ir B Sharifnabi sharifna@cc iut ac irAbstractConventional methods of plant breeding for resistance to biotic stress including resistance to plant diseases arefaced with constraints such as lake of resistance resources weak understanding of the inheritance of resistancetraits and the need for a long breeding cycle for the transfer of resistance genes to commercial cultivars In thiscontext genetic tools in the form of molecular marker techniques and plant genetic engineering are a hopefulalternative to expedite the process of identifying detecting and integrating the genes responsible for resistanceto plant diseases To attainment this way understanding the plant defense mechanisms at the molecular DNA level is a prerequisite The first step in understanding the plant defense mechanism is the identification andisolation of plant resistance genes In recent years several disease resistance genes have been successfullycloned and identified in several plant species In this study we used degenerate primers designed fromconserved regions of these genes and PCR technique to detect the resistance genes analogs RGAs inGrapevine genotypes Nineteen RGAs were identified from Iranian grapevine genotypes using two degenerateprimer pairs OLE and BP2 designed from conserved domains of known NBS LRR resistance genes in otherplants After the BLAST of nucleotide sequences in the gene bank sequences the similarity of about 90 withother known RGAs to be RGA of these fragments was confirmed Phylogenetic tree to the sequences showedthat the geographical distance has influence on the diversity of RGAs Comparison of the protein sequences ofRGAs recognized in the present study with the protein sequence of several known RGAs in other plants Flax Arabidopsis and Tobacco using ClustalW showed that all identified RGAs have two conserved domains PLOP Kinase and GLPLA It can be concluded that the identified RGAs in this study belong to the NBS LRR groupof RGAs and the TIR NBS LRR sub group In addition genetic diversity of 76 Iranian grapevine genotypeswere assessed using SCoT and SRAP markers Thirteen SCoT primers and thirteen SRAP primer combinationswere amplified in total 190 and 169 bands respectively Among them 109 SCoT and 81 SRAP bands werepolymorphic Also the PIC values 0 3525 for SCoT and 0 3696 for SRAP showed the average ability of thesemarkers to recognize the polymorphism in the studied genotypes Cluster analysis based on data obtained fromtwo markers placed different genotypes in different groups The relationships among genotypes were alsodefined by the first three principle coordinate analysis PCoA with together accounted for 67 66 and 69 66 for SCoT and SRAP respectively and showed that the original data are correlated in PCoA confirmed theresults of cluster analysis In conclusion SCoT and SRAP markers were demonstrated to be a powerful tools forassessing genetic relationships among Iranian grapevine genotypes Keywords Grapevine RGA Resistance Genes SCoT Marker SRAP Marker
استاد راهنما :
مجيد طالبي، بهرام شريف نبي
استاد داور :
ايراهيم طباطبايي، جهانگير خواجه علي
