شماره راهنما :
1159 دكتري
پديد آورنده :
شريفي، سميه
عنوان :
شناسايي ژنهاي كليدي و نشانگرهاي زيستي كانديدا در ورم پستان باليني گاو شيري
گرايش تحصيلي :
اصلاح نژاد دام
محل تحصيل :
اصفهان: دانشگاه صنعتي اصفهان، دانشكده كشاورزي
صفحه شمار :
يازده، ۱۳۷ص.: مصور، جدول، نمودار
استاد راهنما :
عباس پاكدل، اسماعيل ابراهيمي
استاد مشاور :
منصور ابراهيمي
توصيفگر ها :
ورم پستان , گاو شيري ˓ , الگوريتمهاي وزن دهي , نشانگر زيستي , مدل هاي درخت تصميم˓ , ترنسكريپتوم
استاد داور :
علي صادقي سفيدمزگي، مجيد طالبي، محمد علي ادريس
تاريخ ورود اطلاعات :
1396/12/22
كد ايرانداك :
ID1159 دكتري
چكيده فارسي :
0 چكيده بيماري ورم پستان از جمله بيماريهاي مهم و بعنوان يكي از پرهزينه ترين بيماريهاي صنعت پرورش گاو شيري شناخته شده است از طرفي تشخيص سريع اين بيماري و شناسايي نوع عامل عفوني درگير بدليل جلوگيري از انتقال به ساير دامها كاهش عملكرد توليدي و توليد مثلي كاهش كيفي ت شير افزايش حجم كار حذف زودهنگام هزينهي باالي درمان و كاهش استفاده از آنتي بيوتيكهاي غيرمناسب اهميت ويژهاي دارد باكتري گرم منفي اشيرشياكلي E coli از جمله عوامل اصلي مسب ب ورم پستان باليني در نظر گرفته ميشود با رشد سريع در فنآوريهاي پربرونداد و اجتماع انواع مختلفي از دادههاي اميك در مخازن عمومي فرصت مناسبي براي بازيابي يكي كردن و آناليز مجدد اين دادهها به منظور پيداكردن راهبردهايي جهت بهبود تشخيص و درمان بيماريهاي مختلف فراهم شده است فراتحليل متا آناليز گزينه نسبتا ارزشمندي جهت يكي كردن نتايج مطالعات مستقل به منظور افزايش قدرت آماري و تعميمپذيري نتايج به شمار ميرود در تحقيق حاضر از متا آناليز جهت يكيكردن نتايج حاصل از 1 دادهي ريزآرايه كه ساختار ترنسكريپتوم بافت غدهي پستان بعد از وقوع ورم پستان القا شده توسط عامل عفوني E coli را مورد بررسي قرار داده بودند استفاده گرديد نتايج متا آناليز نه تنها يافتههاي كليدي مطالعات انفرادي را تاييد كرد بلكه پروسههاي سلولي جديدي را معرفي نمود كه سهم بسزايي در شناسايي مكانيسمهاي درگير در اين بيماري نشان ميدهند در اين تحقيق براي اولين بار از رويكرد يادگيري ماشين براي اولويت بندي ژنهايي كه توسط متا آناليز به عنوان تفاوت بياني معرفي شده بودند متا ژنها جهت پيداكردن پراهميتترين ژنها در پاسخ به بيماري مورد نظر ورم پستان القا شده توسط باكتري E coli استفاده گرديد در اين راستا دوازده متا ژني كه توسط اكثر الگوريتمهاي وزن دهي به عنوان ژنهايي با اثرگذاري بيشتر شناسايي شدند شامل 4 CXCL8 IL8 NFKBIZ HP ZC3H12A PDE4B CASP 9 CXCL2 CCL20 GRO1 CXCL1 CFB S100A و 8 S100A معرفي گرديدند اين تحقيق به درستي نشان داد كه تركيب دو ابزار جديد دادهكاوي يعني يادگيري ماشين و متا آناليز فرصت خوبي در اختيار محققين قرار ميدهد تا ژنهاي كليدي تر را با وضوح بيشتري شناسايي نمايند در پايان از طريق آناليز شبكههاي تنظيمي ژن تنظيم گرهاي كليدي 1 MAPK TP53 SP1 MAPK14 INS EGF AKT1 IFNG و ژنهاي هدف پر اهميتتر 3 MAPK14 BCL2 MAPK 2 IL10 VEGFA MAPK8 MMP در پاسخ به ورم پستان القا شده توسط باكتري E coli معرفي گرديدند نتايج اين تحقيق توانسته است اطالعات پايهاي براي بكارگيري استراتژيهايي در جهت بهبود روشهاي تشخيص و درمان ورم پستان ناشي از E coli در گاو شيري فراهم نمايد كلمات كليدي ورم پستان گاو شيري الگوريتمهاي وزن دهي مدلهاي درخت تصميم نشانگر زيستي ترنسكريپتوم
چكيده انگليسي :
098 Identification of Key Genes and Candidate Biomarkers in the Clinical Mastitis of Dairy Cattle Somayeh Sharifi ss sharifi2015@gmail com January 14 2018 Department of Animal Sciences College of Agriculture Isfahan University of Technology Isfahan 84156 83111 Iran1st Supervisor A Pakde l pakdel@cc iut ac ir2nd Supervisor E Ebrahimie ebrahimiet@gmail comAdvisor M Ebrahimi mansour@future edu College Graduate Coordinator M Shirvani shirvani@cc iut ac irAbstractThe gram negative bacteria such as E coli are assumed to be among the main agents thatcause severe mastitis disease with clinical signs in dairy cattle Rapid detection of thisdisease is so important in the dairy cattle industry in order to prevent transmission ofinfectious agents to other cows and helps to reduce inappropriate use of antibiotics Withthe rapid progress in high throughput technologies and accumulation of various kinds of omics data in public repositories there is an opportunity to retrieve integrate andreanalyze the related resources to improve the diagnosis and treatment of mastitis diseasesand to provide mechanistic insights into the host resistance in an efficient way Meta analysis is a relatively inexpensive option with good potential to increase the statisticalpower and generalizability of single study analysis This meta analysis not only reinforcedthe key findings in individual studies but also enriched several novel terms In the currentresearch twelve meta genes were detected by the majority of Attribute Weightingalgorithm AW s as the most informative genes The Decision Tree model DT s efficientlydiscovered the best combination of the meta genes as bio signature and confirmed some ofthe top ranked genes as biomarkers in dairy cows with E coli mastitis At the end of thework and by gene regulatory networks we were able to introduce the most important generegulators and gene targets in response to E coli mastitis Keywords Clinical Mastitis Dairy Cattle Attribute weighting algorithm Decision treemodels Biomarker Transcriptom IntroductionBovine mastitis is an inflammatory disease with clinical and subclinical forms whichaccounting for the large economic losses in dairy cattle industry worldwide Environmentalpathogens including Coliforms are the major contributors to mastitis causing acuteinflammation with clinical signs in dairy cows which however may be self healing byeventually eradicating the invader 1 are occasionally fatal 3 The average case of clinicalmastitis occurring during the first 30 days of lactation was investigated in a total economic Associate Professor in the Department of Animal Sciences College of Agriculture Isfahan University ofTechnology Iran Assoc Prof Institute of Biotechnology Shiraz University Iran Associate Professor in the Bioinformatics Research Group and Department of Biology University of Qom Iran
استاد راهنما :
عباس پاكدل، اسماعيل ابراهيمي
استاد مشاور :
منصور ابراهيمي
استاد داور :
علي صادقي سفيدمزگي، مجيد طالبي، محمد علي ادريس
