پديد آورنده :
جهانبخش، جمال الدين
عنوان :
معرفي ژنهاي كانديدا در مقاومت به ورم پستان گاوي با استفاده از شبكه تنظيم ژني
مقطع تحصيلي :
كارشناسي ارشد
محل تحصيل :
اصفهان: دانشگاه صنعتي اصفهان، دانشكده كشاورزي
صفحه شمار :
يازده، ۸۸ص.: مصور، جدول، نمودار
استاد راهنما :
عباس پاكدل
استاد مشاور :
اميرحسين مهدوي
توصيفگر ها :
گاو شيري , ورم پستان , اشرشياكلي , ترانسكريپتوم , تفاوت بيان ژني , شبكه تنظيم ژني
استاد داور :
سعيد انصاري مهياري، ابوذر سورني
تاريخ ورود اطلاعات :
1397/06/17
چكيده فارسي :
چكيده ورم پستان يا التهاب غدد پستاني در گاو پيامدهاي قابل توجهي بر سلامت و رفاه دام داشته و منجر به ضررهاي اقتصادي فراواني به صنعت گاو شيري ميشود هدف از انجام اين مطالعه مقايسه پروفايل بيان ژن آرايههاي سلولهاي اپيتليال غدد پستاني آلوده شده به پاتوژن E coli و نيز بررسي و شناسايي مكانيسم هاي بيولوژيكي اساسي درگير در بيماري ورم پستان و معرفي ژنهاي تنظيمگر كليدي به كمك شبكه تنظيم ژني بود در اين مطالعه از يك مجموعه داده بيان ژن ريزآرايه استخراج شده از پايگاه داده GEO به شماره دسترسي 06542 GSE استفاده شد اين دادهها مربوط به سلولهاي استخراج شده از سلولهاي اپيتليال غدد پستاني دو گروه از گاوهاي انتخاب شده براي حساسيت بالا و پايين به ورم پستان متأثر از يك QTL خاص كه بر روي كروموزوم شماره 87 قرار دارد ميباشد اين سلولها بوسيله پاتوژن E coli آلوده شده و در نهايت پروفايل بيان ژن براي هر تيمار و هر الل SCS BTA18 QTL در سه ساعت مختلف 7 6 و 49 اندازهگيري شد كنترل كيفيت و نرمالسازي دادهها در محيط نرمافزار R و به ترتيب با دو پكيج affy و arrayQualityMetrix انجام شد آناليز تفاوت بياني ژنها نيز با استفاده از پكيج Limma صورت گرفت براي مقايسه اللها دو آناليز تفاوت بياني مختلف انجام شد در آناليز اول مقايسه گروه كنترل و گروه تيمار آلوده در سه زمان 7 6 و 49 ساعت براي هر يك از ژنوتيپها و در آناليز دوم اثر متقابل دو ژنوتيپ بصورت مستقيم در سه زمان ذكر شده مورد بررسي قرار گرفت نتايج آناليز تفاوت بياني نشان داد كه بيشترين تعداد ژنهاي معني دار شده 50 0 adj P Val و 50 0 logFC براي هر دو ژنوتيپ 49 ساعت پس از آلوده شدن با E coli بود به طوري كه در آناليز اول براي ژنوتيپهاي مطلوب Q و نامطلوب q به ترتيب 529 ژن 009 ژن افزايش و 96 ژن كاهش بيان و 41 ژن 06 ژن افزايش و 77 ژن كاهش بيان تفاوت بياني نشان دادند اين در حالي است كه در آناليز دوم 265 ژن 970 ژن افزايش و 159 ژن كاهش بيان تفاوت بياني معنيدار نشان دادند آناليز غنيسازي عملكردي ژنها و شبكه تنظيم ژني براي ليست ژنهاي آناليز دوم انجام شد و نتايج حاصل نشان داد كه ژنوتيپ مطلوب به تصحيح سركوب فرآيندهاي متابوليكي در طي عفونت و همچنين به تنظيم مسيرهاي سيگنالينگ مربوط به پاسخ ايمني و التهاب كمك ميكند بسياري از مسيرهاي سركوب شده توسط ژنهاي داراي تفاوت بياني مربوط به ايجاد پاسخهاي التهابي و ايمني از جمله فعالسازي لكوسيت پاسخ به محركهاي دروني تنظيم مثبت سيگنالدهي كه باعث پاسخهاي تصحيح شده به عفونت ميشود و همچنين مسيرهاي مرتبط با رشد تكثير سلولي و فرآيندهاي توليدمثلي بوسيله ژنهاي كاهش بياني غني شدهاند نتايج شبكه تنظيم ژني نشان داد كه عوامل رونويسي 35 TP و 1 SP و ليگاندهايي نظير IFNG IL1B INS 1 EGF TGFB و پروتئين كيناز 1 MAPK از عوامل تغييردهنده مشترك در شبكهي ساخته شده ميباشند كلمات كليدي گاو شيري ورم پستان اشرشياكلي ترانسكريپتوم تفاوت بيان ژني شبكه تنظيم ژني 7
چكيده انگليسي :
Introduction of candidate genes in bovine mastitis resistance by gene regulatory network Jamalaldin Jahanbakhsh J jahanbakhsh@ag iut ac ir June 19 2018 Department of Animal Science Isfahan University of Technology Isfahan 84156 83111 Iran Degree M Sc Language Farsi Supervisor Abbas Pakdel Pakdel@cc iut ac irAbstractMastitis or inflammation of the mammary glands in dairy cattle has significant implications forthe health and welfare of livestock and leads to abundance economic losses to the dairy industry The aims of current study were to compare the gene expression profile of the mammary glandepithelial cell arrays contaminated with E coli pathogens as well as identification of the basicbiological mechanisms involved in the mastitis by E coli and introduction of key regulatory genesvia the genetic adjustment network In this study gene expression microarray datasets extractedfrom a database of GEO No GSE24560 access was used This data refers to the cells extractedfrom mammary gland epithelial cells in two groups of cattle selected for high and low suceptiblityto mastitis affected by a specific QTL located on chromosome number 18 These cells werecontaminated by E coli pathogens and the gene expression profile for each treatment and eachSCS BTA18 QTL alleles at three different hours of 1 6 and 24 were measured The qualitycontrol and normalization of data were carried out in the R environment software with affy andarrayQualityMetrix packages respectively Differentially express genes were analyzed by usingLimma package Two different analysis were performed to compare alleles In the first analysis the interaction between the control group and the treatment group contaminated wasinvestigated at three times 1 6 and 24 hours for each genotype and in the second analysis theinteraction of two genotypes was directly investigated at the time mentioned before The resultsof differentially express genes showed that the largest number of significant genes adj P Val 0 05 and logFC 0 05 was for both genotypes at 24 hours after contamintation with E coli Sothat in the first analysis for the favorable Q and unfavorable q genotypes 295 genes 233genes Up regulate and 62 genes Down regulated and 74 genes 63 genes Up regulate and 11genes Down regulate were differentially expressed respectively However in the secondanalysis 569 genes 312 genes Up regulate and 257 genes Down regulate showed differentiallyexpressed The results showed that the favorable genotype helps to correct the suppression ofmetabolic processes during infection and also to regulate signaling pathways related to immuneresponse and inflammation Functional enrichment analysis of the genes and the gene regulatorynetwork were performed for the second analysis gene list Many of the pathways suppressed bygenes differentially expressed genes are related to trigger the inflammatory and immuneresponses including leukocyte activation response to endogenous stimulus positive regulationof signaling that causes moderate responses to the infection as well as pathways associated withgrowth cell proliferation and reproductive process enriched by down regulated genes Resultsof gene regulatory network showed that TP53 and SP1 transcription factors ligands includingINS IL1B IFNG TGFB1 EGF and protein kinase MAPK1 are common altered factors inconstructed networks Key WordsDairy cattle mastitis E coli Transcriptome Differentially Expressed Genes GeneRegulatory Network 82
استاد راهنما :
عباس پاكدل
استاد مشاور :
اميرحسين مهدوي
استاد داور :
سعيد انصاري مهياري، ابوذر سورني
